 | |||||||||
| Strukture LIM domena iz Pinč proteina. Atomicinka su prikazani sivo. | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | LIM | ||||||||
| Pfam | PF00412 | ||||||||
| InterPro | IPR001781 | ||||||||
| PROSITE | PDOC50178 | ||||||||
| SCOP | 1ctl | ||||||||
| Superfamilija | 1ctl | ||||||||
| |||||||||
LIM domeni suproteinskistrukturni domeni, koji se sastoje od dva susedna domenacinkovog prsta, razdvojena sa dvehidrofobneaminokiseline.[1] Oni su dobili ime po njihovom otkriću u proteinimaLin11,Isl-1 iMec-3.[2] Pokazano je da proteini koji sadrže LIM domen učestvuju ucitoskeletalnoj organizaciji, razvoju organa ionkogenezi. LIM domeni posredujuprotein-protein interakcije koje su kritične za ćelijske procese.
LIM domeni imaju visoko divergentne sekvence, izuzev pojedinih ostataka. Divergencija sekvenci omogućava postojanje mnoštva različitih mesta vezivanja u istom osnovnom domenu. Konzervirani ostaci učestvuju u vezivanjucinka ili suhidrofobna osnova proteina. LIM domeni imaju sledeću sekvencu:
[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-19-[W]-[H]-[X]2-4-[C]-[F]-[LVI]-[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-20-C-[X]2-4-[C]
LIM domeni se često javljaju u umnošcima, kao što je to slučaj kod proteinaTES i LMO4. Oni takođe mogu da budu vezani za druge domene, čime se omogučava vezivanje isortiranje, npr.LIM kinaze.