Većina naučnika se slaže da je oko40.000 godina pne.glacijacija spojila japanske otoke s azijskim kopnom. Na osnovu arheoloških dokaza, smatra se kako je između35.000 i30.000 godinaHomo sapiens migrirao na otoke iz istočne i jugoistočne Azije i utemeljio kulturu temeljenu na lovu, skupljanju i izradi kamenog oruđa. Kameno oruđe, ostaci ljudskih naselja, kao i ljudskifosili iz tog doba su pronađeni na svim japanskim otocima. Uz to je godine 1988.genetsko istraživanje ukazalo naistočnoazijsko porijekloJapanaca.[1]
Izraz "Jomon" je nastao kao japanski prijevod izraza "označen rebrastom tkaninom". To se odnosi na oznake na glinenim posudama kao i na figure koje koriste štapiće s ukrašene rebrastom tkaninom.
