Rođen je u porodičnom zamku Havijer blizu Sangese i Pamplone u kraljevini Navara. Bio je najmlađi sin savetnika kralja Navare. Kada jeFernando II od Aragona osvojio kraljevinu1512. uništene su mnoge tvrđave, uključujući i Havijer, a zemlja je konfiskovana. Fransiskov otac je umro1515.
Kada je imao 19 godina otišao je da studira nauniverzitetu u Parizu, gde je diplomirao1530. Tu je na fakultetu delio sobu saIgnasijom de Lojolom. Na Lojolinu incijativu osmorica studenata osnivaju 15. avgusta1534. u crkvi na Monmartru versko udruženje, koje će postati Družba Isusova ilijezuiti. Cilj im je bio misionarski rad ili gde god ih papa uputi. Jezuitski red je službeno osnovan papinom odlukom1540.
Dvorac porodice Havijer, koji su jezuiti kasnije restaurisali
KraljŽoao III od Portugala je tražio jezuitske misionare za rad u portugalskoj istočnoj Indiji. Zbog toga je pozvao Fransiska Havijera. Krenuo je7. aprila1541. zajedno sa još dva jezuita i sa novim vicekraljem Martimom de Susom. Od avgusta 1541. do marta1542. bili su naMozambiku, a odatle su6. maja 1542. došli doGoe, glavnog grada portugalskih indijskih kolonija. Havijer je bioapostolski nuncije i tri godine je delovao iz Goe.
Svoju prvu misionarsku aktivnost imao je među roniocima bisera Paravasima na istočnoj obali južne Indije. Posle toga orijentisao se na pokrštavanje kralja Travankora. Posetio je iŠri Lanku. Nezadovoljan rezultatima svoje misionarske aktivnosti, godine1545. je zaplovio ka istoku. Planirao je da se bavi misionarskom aktivnošću na ostrvuSulavesi. Stigao je u oktobru uMalaku 1545. i uzalud je čekao tri meseca brod za Sulavesi. Odustao je i1. januara1546. otplovio za ostrvoAmbon, gde je ostao do sredine juna. Posetio je i ostalaMolučka ostrva, uključujući Ternat i Mor. Kratko nakonUskrsa vratio se na Ambon, pa na Malaku. Bio je razočaran vođstvom u Goi, pa je pisao kralju Žoau III i tražio da se uspostaviinkvizicija u Goi. Inkvizicija je počela sa radom tek osam godina nakon njegove smrti.
Inicirao je promenu u istočnoj Indoneziji. Radio je od 1546—1547. na Molučkim ostrvima i postavio temelje stalne misije. Kada je on napustio Molučka ostrva, drugi su nastavili sa njegovim radom. Do 1560ih bilo je 10.000 katolika u tom području, najviše na Ambonu. Do 1590ih bilo ih je 50.000 do 60.000.
U decembru 1547. sreo je japanskog plemića Andžira iz Kagošime. Andžiro je čuo za Havijera, pa je putovao izJapana da ga sretne. Andžiro je bio optužen za ubistvo u Japanu, pa je pobegao. Fransisku Havijeru Andžiro je otvorio srce i pričao mu je o svom bivšem životu i običajima i kulturi Japana. Andžiro je biosamuraj i zbog toga je bio pogodan prevodilac i vešt posrednik za Havijerovu misiju u Japanu. Havijer se interesovao za mogućnost misije u Japanu. Najpre je krstio Andžira, koji je postao Paulo de Santa Fe. Andžiro mu je pomogao da prevede nekoliko paragrafa hrišćanskog učenja na fonetski japanski, što je Havijer onda naučio napamet.
Vratio se1548. u Indiju. Oko 15 meseci je bio zauzet raznim putovanjima i administracijom. Nije bio zadovoljan nehrišćanskim životom i ponašanjem dela Portugalaca. Napustio je Gou15. aprila1549. Zaustavio se u Malaki i posetioKanton. Pratio ga je Andžiro, dva druga Japanca, Kozme de Tores i Huan Fernandez. Sa sobom je ponio i poklone za cara Japana, jer je nameravao da se predstavi kao apostolski nuncije.
Putovanja svetog Fransiska Havijera
Stigao je27. jula 1549. do Japana, ali tek se 15. avgusta iskrcao kodKagošime na ostrvuKjušu. Srdačno je dočekan i boravio je kod porodice Andžiro do oktobra1550. Zatim je boravio u Jamagučiju, a kratko pred Božić otišao je uKjoto, ali nije uspeo da se sretne sa carem. Vratio se u Jamaguči marta1551. idaimjo provincije mu je dozvolio da propoveda. Pošto nije tečno govorio japanski ograničio se na glasno čitanje prevoda katehizma. Monasi šingon budizma su ga lepo dočekali jer je za boga koristio jednu budističku reč. Kasnije je promenio ime za boga na japanskom. Havijer je dve godine radio dok nije uspostavio svoga naslednika jezuitu. Odlučio je da se vrati u Indiju. Vraćajući se zadesilo ga je nevreme, pa se zaustavio na jednom ostrvu blizu Kantona uKini. Tu je sreo starog prijatelja jednog bogatog portugalskog trgovca Dijega Pereiru. Dijego mu je pokazao pismo jednoga Portugalca, koji je bio zatvoren u Kantonu i molio je da portugalski ambasador zamoli cara da ga puste. Havijer se vratio u januaru1552. u Gou. Sa Pereirom je krenuo u aprilu 1552. za Kinu. Sebe je predstavljao kao apostolskog nuncija, a Pereiru kao portugalskog ambasadora. Na putu je uočio da je zaboravio papire, koji dokazuju da je on apostolski nuncije. U Malaki su imali problema sa jednim kapetanom, koji mu nije priznao da je nuncije, a ni Pereiri da je ambasador i zahtevao je da predaju poklone što nose kineskom caru.
Početkom septembra 1552. došao je do kineskog ostrva Šangčuana, oko 200 km jugozapadno od današnjeg Hong Konga. Tada ga je pratio jedan student jezuita Alvaro Fereira, Kinez Antonio i sluga. Oko sredine novembra poslao je Fereiru sa porukom da će otići u Kinu.
Pozlilo mu je21. novembra na ostrvu Šangčuan. Umro je3. decembra1552. u dobi od 46 godina. Bio je najpre sahranjen na kineskom ostrvu, zatim je telo odneseno na Malaku, pa u Gou. Danas se njegove mošti nalaze u Bazilici Hristova rođenja u Goi. Desna Havijerova podlaktica je izložena u glavnoj jezuitskoj crkvi uRimu.
Jou, Albert. (1984)The Saint on a Mission. Anand Press, Anand, India.
Pinch, William R., "The Corpse and Cult of St. Francis Xavier, 1552–1623," in Mathew N. Schmalz and Peter Gottschalk ed.Engaging South Asian Religions: Boundaries, Appropriations, and Resistances (New York, State University of New York Press, 2011)
Abraham a Sancta Clara:Die Heilige Hof-Art. Das ist: Ein schuldige Lob-Red von dem grossen Wunderthätigen Indianer-Apostel. Francisco Xaverio. Vivian, Wien 1677. (Digitalisat)
Georg Rendl:Der Eroberer Franz Xaver. Erzählung. Herder, Freiburg i. Br., 2. Auflage 1956.
Rita Haub, Julius Oswald (Hrsg.):Franz Xaver – Patron der Missionen. Festschrift zum 450. Todestag. (=Jesuitica, Band 4). Schnell und Steiner, Regensburg 2002,ISBN3-7954-1252-8.
Michael Sievernich, Peter Knauer:Franz Xaver. Briefe und Dokumente 1535–1552. Schnell & Steiner, Regensburg 2006,ISBN3-7954-1875-5.
Ronald Daus:Die Erfindung des Kolonialismus. Peter Hammer Verlag, Wuppertal 1983,ISBN3-87294-202-6.
