Endogen je termin sa značenjem "polazeći iznutra". Endogeni deo jednog tela je komplementaran njegovomegzogenom delu.
Endogene supstance su one koji potiču iz organizma, tkiva, ili ćelije[1][2].Endogeni retrovirusi su uzrokovani drevnim infekcijamagametnih ćelijačoveka,sisara i drugihkičmenjaka. Njihoviprovirusi ostaju u genomu i prenose se na sledeću generaciju.[3]
Endogeni procesi obuhvataju samoodrživecirkadijalne ritmove biljaka i životinja.