Naredni film,Underground 1995. godine, donio je Emiru Kusturici druguZlatnu palmu na Filmskom festivalu uCannesu. 1998. godine snima filmBela mačka, crni mačor za kojeg dobivaSrebrnog lava na festivalu u Veneciji. U filmuUdovica iz Saint-Pierra 2000. godine, u režijiPatrice Leconte, Kusturica, se pojavljuje kao glumac. Premda izgovara svega nekoliko rečenica, njegova pojava u filmu je monumentalna i Kusturica je poredJuliette Binoche jedan od najupečatljivijih karaktera koji vode radnju filma. Svoju prvu filmsku ulogu Kusturica je imao u filmuValter brani Sarajevo[1] iz 1972. godine. Za filmPriče super osmice 2001. godine naMeđunarodnom festivalu dokumentarnog filma uSankt Petersburgu, dobio je glavnu nagradu -Zlatni kentaur. 2002. godine Emir Kusturica se pojavljuje u filmuDobri lopov režiseraNeil Jordana. Emir glumi gitaristu koji neprestano svira 'rifove'Jimija Hendrixa. 2004. godine završava filmŽivot je čudo, čiji je radni naslov bio "Gladno srce”. Ova ratna drama, čiji scenario, osim Kusturice, potpisuje iRanko Božić, opisuje predvečerje ratnih sukoba u Bosni 1992. godine. Za ovaj je film Kusturica dobio nagradu francuske filmske akademijeCésar za najbolji film snimljen uEU 2005. godine. 2005. godine Emir Kusturica snima dugometražni dokumentarni film o nogometašuDiegu Armandu MaradoniMaradona by Kusturica. Prva klapa ovog filma pala je 18. marta, uBuenos Airesu, snimanjem scena na porodičnoj proslavi rođendana Maradonine kćerke. Za snimanje filma koristio se i dokumentarni materijal. Osnovna ideja je da se osvjetli neostvarena Maradonina želja o porodičnoj harmoniji. Film se snimao uNapulju,Barceloni, naKubi i drugim lokacijama. U februaru 2006. godine Emir Kusturica snimio je osmi po redu dugometražni igrani filma, čiji je radni nazivZavjet. Film je sniman u Srbiji, a scenario, uz Kusturicu je radio i Ranko Božić. 26. juna 2007. godine u pariškoj operi Bastille izvodi se prvi put njegova punk-opera pod nazivomLe Temps des Gitans, po motivima filmaDom za vešanje.[2] 2009. godine Kusturica planira snimanje dokumentarnog filmaSeven Friends of Pancho Villa and the Woman with Six Fingers, saJohnny Deppom u glavnoj ulozi. Film bi trebao biti gotov 2011. godine. Kusturica namjerava 2009. godine izdati autobiografsku knjigu, pod dvosmislenoimn naslovomJa o meni(Jao meni).[3] Kusturičini filmovi se sadržajno razlikuju od perioda iz kog dolaze, tako da od filmova koji se tematski kreću u kritičkoj obradi jugoslovenskog društva i prošlosti, do filmova sa obiljem fantazije komicnih detalja, gotovo preuzetih iz stripova, dokumentarnih filmova o sportu i muzici. Svoju umjetničku autonomiju, koristi u potpunosti, te zahvaljući uspjehu svojih filmova u Evropi i Americi, granice njegovog rada su neograničene. Povezanost sa Balkanom, mada kritički, ostaje u svim filmovima, kao nit vodilja, koja zbog raznolikosti Balkana ne nailazi na prihvatljivost u svim državama bivše Jugoslavije.
Za potrebe snimanja filma Život je čudo, nastalo je seloDrvengrad, koje po ideji Kusturice, treba da predstavlja način života, borbu protiv kapitalizma i globalizacije. Pod imenomKüstendorf, na prijedlog prijatelja i književnikaPetera Handkea, grad postaje poznat u svijetu, kao središte umjetnosti, planiranim filmskim festivalom, proizvodnjom voćnih sokova i drugih bio proizvoda.[4] Sa idejom zatvorenog grada u građevinama od drveta, proizvodnjom namirnica na biološkoj osnovi, grad bi trebao biti citadela, mjesto u kojem bi se ljudi mogli sakriti od prijetećih katastrofa.[5] Za taj idejni projekat Emir Kusturica dobitnik je Evropske nagrade za arhitekturuPhilippe Rotthier 2005. godine. Nagrada, koju tradicionalno svake treće godine dodeljuje „Fondacija za arhitekturu” izBrisela, jedno je od najcjenjenijih belgijskih i evropskih odličja u oblasti arhitektonske kulture. U obrazloženju žirija ističe se da Kusturičin projekat:
...koristi izvornu arhitekturu svog podneblja kao faktor pacifikacije, izvor zadovoljstva i podstrek za razvoj ekonomsko-turističkih potencijala čitavog regiona...
U jednom intervju zaNIN na pitanje o svojoj pripadnosti i Drvengradu Kusturica kaže:
...Pošto ja ne vjerujem u demokratiju, onda u šali volim da kažem sebi - ako već imam svoj grad, onda mogu da biram građane...Nigdje se ja više ne osjećam kod kuće. Ne znam na koliko mjesta ja već i živim...[6]
2005. godine Emir Kusturica otvara u zgradi nekadašnje Željezničke stanice uHerceg Novom Centar za kulturu i multipleks-kino. Riječ je o tri mala kino sa zvučnim i svjetlosnim efektima. Pored apartmana, u zgradi su i prostori namijenjeni za galeriju, čitaonicu i "mjesto za okupljanje i razgovor".
Zbog svojih političkih izjava, odlaska iz Sarajeva za vrijeme blokade od srpske vojske, ograđivanja od politikeAlije Izetbegovića prema Bosni i Hercegovini, kao i simpatijama prema predsjedniku SrbijeSlobodanu Miloševiću, Kusturica zapada u politički izoliranu i kritiziranu kampanju zapadnoevropskih, bosanskohercegovačkih i hrvatskih medija. Zajedno sa austrijskim piscem i prijateljemPeterom Handkeom, jedno vrijeme podržava srpske političare u vrijeme rata u Bosni i Hercegovini. Mada kasnijim izjavama, kojima se ograđuje od dijelova Milosevićeve politike, u nekim medijima Južne Evrope ostao je nepoželjna osoba, a on sam, u više intervjua govori o svom izgubljenom identitetu, kao i nestanku identiteta Sarajeva, a sebe smatra čovjekom bez stalnom mjesta bivanja. Kritičari su ga napadali zbog snimanja filmaUnderground 1995. godine, scenaristaDušana Kovačevića, koji je navodno djelomično financiran od strane državne televizije Srbije, u vrijeme rata u Bosni i Hercegovini, u kom su oni film vidjeli kao propagandu i opravdanje ratova u bivšoj Jugoslaviji. ZaĐurđevdan 2005. godine, Emir se krstio u Srpskoj pravoslavnoj crkvi i primio ime Nemanja Kusturica. Krštenje je održano u manastiruSavina u blizini Herceg Novog. Idejom o Drvengradu, te političkom neumjerenosti koja za cilj ima proizvodnju voćnih sokova sa provokatnim nazivima i slikama na etiketama sokova, političara dvadesetog stoljeća (Josip Broz Tito,Draža Mihajlović,Che Guevara), nailazi na oštru osudu medija i u Srbiji. Takode se priključuje podršci srpskih umjetnika i medija, protiv proglašavanja nezavisnostiKosova.[7]
