| EcoRI | |
|---|---|
 | |
| Kristalografska struktura restrikcione endonukleaze EcoRI bez DNK | |
| Identifikatori | |
| Simbol | EcoRI |
| Pfam | PF02963 |
| InterPro | IPR004221 |
| SKOP | 1na6 |
 |
 |
EcoRI jeendonukleazni enzim izolovan iz sojevaE. coli. On je deorestrikciono modifikacionog sistema.
EcoRI se koristi kaorestrikcioni enzim u molekularnoj biologiji. On kreiralepljive krajeve sa prepustima na5' krajevima. Sekvenca nukleinske kiseline gde enzim preseca je GAATTC, što je komplementarno sa sekvencom CTTAAG. Ovi krajevi surotaciono simetrični.
Poput mnogihrestrikcionih endonukleaza, EcoRI sadrži PD..D/EXK motiv unutar svog aktivnog mesta. On se tipično koristi za izolaciji i restrikciju bakterijskeplazmidne DNK. U EcoRI ovaj motiv se sastoji od ostataka P90, D91, E111, A112, K113(2)1.
Ovaj enzim jehomodimer podjedinica sa 31 kD, koje sadrže globularne domene sa α/β arhitekturom. Svaka podjedinica sadrži petlju izvan globularnog domena koja se obavija oko DNK pri vezivanju..[2][3]
EcoRI je kokristalisan sa sekvencom koju normalno preseca. Taj kristal je korišten za rešavanje strukture kompleksa1QPS. Rešena kristalna struktura pokazuje da su podjedinice enzimahomodimeri koji simetrično interaguju sa DNK.[2] U kompleksu, dvaα-heliksa sa svake podjedinice zajedno formiraju heliksni svežanj.[4] Na interagujućim heliksima su ostaci Glu144 i Arg145, koji formiraju prsten putem kojeg dva aktivna mesta enzima komuniciraju.[5]