Prosječna mu dubina iznosi 445 m, dok najveća dubina iznosi 1.500 m.
Površinske struje Alboranskog mora teku na istok, donoseći vodu Atlantika u Sredozemno more, dok dubinska strujanja teku na zapad, noseći slaniju vodu Sredozemnog mora u Atlantik. Česta poslijedica ovakvog strujanja vode je kružni tok vode u Alboranskom moru. Kao prijelazna zona između dva mora sadrži mješavinu vrsta specifičnih i za Sredozemlje i za Atlantik. Alboransko more stanište je najveće populacijedobrih dupina u zapadnom Sredozemnom moru, a ujedno je dom poslijednje populacijeobalnog dupina u Sredozemlju, te predstavlja najznačajniji prostor u Europi na kojem seglavate želve hrane.
Alboransko more sadrži nekoliko malih otoka, uključujućiIsla de Alborán. Većina njih, uključujući one bliže marokanskoj obali nadzire Španjolska.
