ImageJ
| ImageJ | |
|---|---|
Скриншот ImageJ | |
| Тип | Обработка изображений |
| Разработчик | Wayne Rasband (NIH) |
| Написана на | Java[1] |
| Операционная система | Any (Java-based) |
| Аппаратная платформа | Java Virtual Machine |
| Последняя версия | 1.52u (2020-03-17) |
| Репозиторий | github.com/imagej/ImageJ |
| Лицензия | Public Domain |
| Сайт | imagej.net |
ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа иобработки изображений. Написана на языкеJava сотрудникамиNational Institutes of Health[2] и распространяется без лицензионных ограничений какобщественное достояние. ОткрытыйAPI позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенныймакроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия[3]. ImageJ широко применяется вбиомедицинских исследованиях,астрономии,географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативыпроприетарному ПО.
Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмернуювизуализацию в диапазоне от клеток дорентгенологических изображений[4], автоматические сравнения[5] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, вгематологии[6]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений[7][8].
Пользоваться ImageJ можно через онлайн-апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всехоперационных системах, для которых есть виртуальная машинаJava Virtual Machine версии от 1.4:Microsoft Windows,Mac OS,Mac OS X,Linux иSharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ находится всвободном доступе[9].
Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).
Особенности
[править |править код]ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности,TIFF,PNG,GIF,JPEG,BMP,DICOM,FITS, а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживаетстеки — серии изображений, объединенных в одном окне, амногопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строитьгистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью,свертки,фурье-анализ, повышение резкости,сглаживание, обнаружение границ имедианный фильтр. Программа позволяет выполнятьгеометрические преобразования:масштабирование, поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.
История
[править |править код]До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программаNIH Image для компьютеровMacintosh и операционных систем доMac OS X. Ее развитием стала программаImage SXM для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия дляWindows,поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны[10].
Примечания
[править |править код]- ↑The image_j Open Source Project on Open Hub: Languages Page — 2006.
- ↑Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) //BioTechniques[англ.] : journal. — 2007. — July (vol. 43,no. 1 Suppl). —P. 25—30. —doi:10.2144/000112517. —PMID17936939.
- ↑Girish V., Vijayalakshmi A. Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ (англ.) //Indian J Cancer[англ.] : journal. — 2004. —Vol. 41,no. 1. —P. 47. —PMID15105580. Архивировано 11 апреля 2011 года.
- ↑Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ // J Digit Imaging. — 2005. —Т. 18,№ 2. —С. 91—9. —doi:10.1007/s10278-004-1879-4. —PMID15827831.
- ↑Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) //Microsc Res Tech[англ.] : journal. — 2004. —Vol. 64,no. 2. —P. 176—184. —doi:10.1002/jemt.20067. —PMID15352089.
- ↑Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) //J Parasitol[англ.] : journal. — 2004. —Vol. 90,no. 4. —P. 879—881. —doi:10.1645/GE-222R. —PMID15357090.
- ↑Burger W., Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java (англ.). —Springer, 2007. —ISBN 1846283795. — [Архивировано 17 мая 2014 года.]
- ↑Dougherty, G. Digital Image Processing for Medical Applications (англ.). —Cambridge University Press, 2009. —ISBN 9780521860857.
- ↑Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) //BioTechniques[англ.] : diario. — 2007. — Luglio (v. 43,n. 1 Suppl). —P. 31, 33—6. —doi:10.2144/000112511. —PMID17936940.
- ↑NIH Image: About . Дата обращения: 18 ноября 2008. Архивировано 20 апреля 2012 года.
Литература
[править |править код]- Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. —ISBN 978-1-78588-983-7.
- Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. —ISBN 978-3-659-37594-1.
Ссылки
[править |править код]- Домашняя страница ImageJ
- Wiki документация по ImageJ
- Обзоры ImageJ отForrest Mims III inThe Citizen Scientist , the journal of theSociety for Amateur Scientists.
- ImageJ в России
- Инструкции к ImageJ на русском языке
Дистрибутивы
[править |править код]Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.
- Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см.Scripting).
- MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.
Подключаемые модули
[править |править код]- Домашняя страница ImageJ Plugin
- Проект ImageJ Plugin Project @ Sourceforge.net
- Плагины для Bio-medical ImagingАрхивная копия от 15 января 2020 наWayback Machine
- Плагин Image Stabilizer для ImageJ
- OptiNav набор плагинов: аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
- Большойнабор плагинов от Gabriel Landini
- плагины редактирования 3D от Albert Cardona.
- Плагины дляоценки поверхностей от GCSCA
- TrakEM2: плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
- Различные плагины от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
- SIFT-реализация от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше оSIFT алгоритме
- bUnwarpJ от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
- Plugins от Biomedical Imaging Group (EPFL)
- Преподавание обработки изображений и Java программированияАрхивная копия от 6 июля 2011 наWayback Machine с плагинами ImageJ
- Томографическая реконструкция по проекциям в виде плагина ImageJ,Университет Париж-юг XI, Orsay
Программа NIH Image
[править |править код]Оригинал не указан. Пожалуйста, укажите его.(2 июня 2010)
- Википедия:Cite web (заменить webcitation-архив: deadlink no)
- Википедия:Cite web (не указан язык)
- Страницы, использующие волшебные ссылки ISBN
- Википедия:Статьи с источниками из Викиданных
- ПРО:ИТ:Статьи по алфавиту
- ПРО:ИТ:Последняя правка: в прошлом году
- Википедия:Плохой перевод с неуказанного языка с июня 2010 года
- Википедия:Плохой перевод с неуказанного языка
- Википедия:Плохой перевод с июня 2010 года
- Википедия:Плохой перевод
- Википедия:Статьи с шаблонами недостатков по алфавиту
- Википедия:Статьи для уточнения категорий с октября 2011 года
- Википедия:Статьи для уточнения категорий
- Википедия:Статьи к переработке с октября 2011 года
- Википедия:Статьи к переработке