Figurează printre cele mai vechi orașe ale Franței,[5] fiind fondată sub numele deMassalía (îngreacă vecheΜασσαλία), spreanii 600 î.Hr., de către marinari și negustorigreci originari dinPhocaea. Vechiul nume grecesc,Massalía, provine din cuvântul grecesc Mασα (cititmasa), ce înseamnă „jertfă”.
În anul49 î.Hr., orașul a trecut în subordinea romanilor, primind numele deMassilia, care, prin evoluție fonetică, a devenit numele actual al orașului, înoccitană,Marselha, iar înfranceză,Marseille.
Marsilia a fost evanghelizată începând cu secolul I. Potrivit legendei, predicator ar fi fostLazăr din Betania, Marta și Maria, cei trei frați prieteni ai luiIsus Cristos.
În secolul IV se stabilește laMarsilia monahul SfântulIoan Casian, de origine dinDobrogea, care pune pe picioare monahismul galic. Acesta s-a născut în anul 365 într-o așezare situată la gurile Dunării. A fost călugăr la Betleem, călugăr pelerin înEgipt, diacon la biserica St. Ioan Gură-de-aur înConstantinopol, preot laRoma. În primăvara anului416, el ajunge la Marsilia și se stabilește acolo. Construiește o criptă peste mormintele a doi martiri pentru a sărbători Euharistia. Era un obicei al Bisericii să alăture sărbătoarea Sacrificiului lui Isus cu sărbătoarea sacrificiului celor care au murit pentru el, iar mormintele pe care se ține slujba erau întotdeauna ale unor martiri. Absida acestei cripte a dispărut, cripta fiind modificată în secolul al XIII-lea, însă din perioada paleocreștină au rămas numeroase urme ale venerării: stâlpi decorați, sculpturi, încrustații ca figuri biblice, monograme ale lui Isus. Sfântul Casian a murit în anul435.