Localitatea a luat naștere dinfortul cazac „Ostrog”, care fusese întemeiat pe malul râului Angara în 1661 d.C. de conducătorul cazac Iakov Pohabov. Numele „Irkutsk” datează din 1684, cu tot cu drepturile unui oraș, iar în 1760 este legat printr-un drum militar și comercial deMoscova șiVladivostok. Orașul se dezvoltă prin comerțul cuChina cu blănuri, metale prețioase, diamante și pește, dezvoltarea culturală a regiunii se datorează în mare partedeportaților politici ruși. În decembrie 1825 are loc o revoltă a nobililor ruși (dekabriști) în timpul țaruluiNikolai I, nobili care vor fi deportați înSiberia, o mare parte din ei vor ajunge în Irkutsk.
În anul 1879 un incendiu distruge trei sferturi din oraș (4.000 de case de lemn). După incendiu, s-au construit case și din cărămidă sau piatră. În anii 1784-1797 a fost construit un teatru, în 1896 orașul are străzile iluminate electric și este legat la rețeaua telefonică, iar în august 1898 a fost terminată o gară decale ferată. Cu toate că străzile încă nu sunt pavate și apa de canal curge în șanțuri neacoperite, Irkutsk va fi numit prin anul 1900 „Parisul Siberiei”.
În timpul regimului comunist se intensifică procesul de industrializare a orașului, construindu-se pe Angara barajul Irkutsk (1950-1959) și adâncirea pentru navigație a albiei fluviilorAngara șiEnisei.
Orașul este situat la circa 70 km distanță de partea sud-vestică a lacului Baikal. La est de oraș se întindMunții Baikal, iar la sud-vest partea estică dinMunții Saian. RâulAngara curge la marginea sudică a orașului spre barajul Irkutsk.