Malenkov a fost cooptat înBiroului Politic al CC al PCUS în1946. Deși temporar căzut în disgrație, pierzând în fața rivalilor săiAndrei Jdanov șiLavrenti Beria, Malenkov a reușit să recâștige încrederea lui Stalin după ieșirea lui Jdanov de pe scena politicii. Beria și Malenkov și-au unit eforturile și au reușit să-i elimine din partid pe toți aliații lui Jdanov și să-i trimită înlagărele de muncă aleGulagului. În1952, Malenkov a devenit membru alSecretariatului CC al PCUS.
După moartea lui Stalin (1953), Malenkov a ajuns în cea mai înaltă funcție la care putea spera. Susținut de Beria, Malenkov a ajunspreședinte al Consiliului de Miniștri șisecretar general al Partidului Comunist al Uniunii Sovietice. La 13 martie 1955, Malenkov a fost constrâns să-și dea demisia din cauza opoziției celorlalți membri ai prezidiului.Nikita Hrușciov a preluat în septembrie funcția de prim secretar al PCUS, inaugurându-se astfel o perioadă deputere duală.
Malenkov a mai rămas în funcția de prim-ministru pentru alți doi ani, perioadă în care a fost conducătorul de facto al Uniunii Sovietice. În acest răstimp, și-a făcut cunoscută opoziția față de proliferareaarmelor nucleare, declarând că „un război nuclear ar duce la distrugerea globală”. Malenkov s-a pronunțat totodată în favoarea reorientării economiei spre producția bunurilor de larg consum, cu un accent mai scăzut pus peindustria grea, poziție pe care a urmat-o succesorul său,Nikita Hrușciov (1955 – 1964).
Malenkov fost forțat să demisioneze în februarie1955, după ce a fost atacat pentru legăturile prea strânse avute cu Beria (executat în decembrie 1953, învinuit de înaltă trădare), cât și pentru ritmul prea lent al reformelor, îndeosebi în privința reabilitării foștilor deținuți politici.
Malenkov a rămas unul dintre membrii Biroului Politic (cu denumirea schimbată în „Prezidiu”). În1957, a fost nevoit din nou să demisioneze, după eșecul tentativei de înlăturare a lui Hrușciov din funcția de secretar general al partidului. Împreună cu Malenkov au fost demiși din funcții șiNicolai Bulganin,Viaceslav Molotov șiLazar Kaganovici (așa-numitulgrup antipartinic). Spre deosebire de practicile din timpul lui Stalin, Hrușciov le-a cruțat viețile, dar le-a redus drastic influența în viața politică sovietică. Malenkov a fost exclus din PCUS. A fost numit director al uneihidrocentrale dinKazahstan. A rămas în acea republică sovietică central-asiatică până la moarte.
