La moartea tatălui său, Feodor era un tânăr de 16 ani, robust și educat. Boierii care acceptaseră autoritatea lui Boris Godunov au refuzat să-i jure credință tânărului Feodor al II-lea, unii dintre ei preferând să-i acorde sprijinFalsului Dmitri.
În iunie 1605, în timp ce trupele impostorului se apropiau de Moscova, un grup de boieri au pus stăpânire pe oraș și l-au arestat pe țar. Feodor și mama sa au fost uciși la scurt timp, la ordinele impostorului. Patriarhul Job, un apropiat al tatălui lui Feodor, a fost destituit și porțile orașului s-au deschis pentru primirea Falsului Dmitri.