Ca al doilea fiu al lui Afonso al II-lea, nu era de așteptat ca el să moștenească tronul, ci se credea că acesta îi va reveni fratelui său mai mare, Sancho. A trăit mare parte a vieții înFranța, unde s-a căsătorit cu Matilda, moștenitoarea Boulognei, în1238, devenind astfelConte de Boulogne. În1246 conflictele dintre fratele său, regele și Biserica, deveniseră insuportabile. PapaInocențiu al IV-lea a ordonat ca Sancho al II-lea să fie înlăturat de pe tron, și înlocuit cu Contele de Boulogne. Afonso nu a refuzat ordinul papal și a plecat spre Portugalia. Din moment ce Sancho nu era un rege popular, nu a fost greu să îndeplinească ordinul; Sancho a fost exilat înCastilia, și Afonso al III-lea a devenit rege în1248, după moartea fratelui său. Pentru a urca pe tron, a abdicat din postura de Conte de Boulogne, iar în1253 a divorțat de Matilda.
Determinat să nu comită aceleași erori ca și fratele său, Afonso al III-lea a acordat mare atenție opinieiclasei de mijloc, formată din negustori și mici proprietari de pământ. În1254, în orașulLeiria, a avut loc prima sesiune aCortes, o adunare generală formată din reprezentanți ai nobilimii, ai clasei mijlocii, și a tuturor municipalităților. A emis de asemenea legi care aveau drept scop protejarea claselor neprivilegiate de abuzurile claselor înalte. Rămas în istorie ca un administrator remarcabil, Afonso al III-lea a fondat mai multe orașe, a acordat statutul deoraș multor altora, și a reorganizat administrația publică.
După ce și-a asigurat tronul, Afonso al III-lea a declarat război comunitățilormusulmane care prosperau însud.Algarve a început să facă parte din Regatul Portugaliei în timpul domniei sale, în urma cuceririi orașuluiFaro; Portugalia a devenit astfel primul regat iberic care și-a încheiatReconquista.
În urma succeselor sale împotrivamaurilor, Afonso al III-lea a trebuit să se confrunte cu o problemă politică care rezulta din frontierele cu Castilia. Regatul vecin considera că teritoriile recent încorporate (Algarve) ar trebui să fie castiliene, fapt ce a inițiat o serie de războaie. În cele din urmă, în1267, un tratat a fost semnat înBadajoz, stabilind că frontiera sudică între Castilia și Portugalia ar trebui să fierâul Guadiana, așa cum este și astăzi.