Ao longo de sua história, a Universidade de Tartu foi conhecida porAcademia Gustaviana,Universidade de Dorpat,Universität (zu) Dorpat,Universidade de Yuryev, eUniversidade Estatal de Tartu (Tartu Riiklik Ülikool).
Alíngua oficial utilizada em Dorpat (Tartu) de 1802 a 1893 era aalemã. Naquele tempo, Dorpat era dependente financeira e administrativamente da Rússia, mas intelectualmente e através do seu corpo de professores, da Alemanha (mais da metade dos professores tinham vindo daAlemanha, pelo menos outro terço eram degermano-bálticos). Dentre as 30 universidades de língua alemã, das quais 23 estavam dentro doImpério Alemão, Dorpat era a décima primeira em tamanho. No ensino, a universidade educou a liderança germano-báltica local e classes profissionais, assim como formou o pessoal especializado para os sistemas de administração e saúde de todo oImpério Russo. Em bolsa de estudos, era uma universidade internacional; o período entre 1860 e 1880 foi sua"era dourada".
O prédio principal da universidade (2006)
A liberdade de ser uma universidade meio-alemã acabou com o surgimento de tendências nacionalistas na Rússia, que considerou mais importante a homogeneização do que a manutenção de uma universidade bilíngue. Entre 1882 e 1898, arussificação da língua, indicações para os cargos, etc., foi imposta, com algumas exceções (tais como a Escola da Divindade, que o Estado temia que seria usada pelo cleroortodoxo para ensinar perigosas visõesprotestantes e, portanto foi permitido que continuasse emalemão até 1916). Em 1898, quando a cidade e a universidade tiveram seus nomes mudados para Yuryev, todos os intelectuais alemães já as haviam deixado. A Universidade de Yuryev existiu até 1918, quando devido aoTratado de Brest-Litovski, ela foi reaberta, sob ocupação alemã, como Dorpat. Os professores e alunos russos refugiaram-se emVoronezh na Rússia, fazendo com que fosse fundada aUniversidade Estatal de Voronezh, que tem sua própria história ligada à fundação da Universidade de Tartu e ainda possui muitos bens físicos que pertenceram a ela.
Em 1919, a Universidade de Tartu foi fundada como uma instituição da Estônia. Ela tornou-se soviética, em 1940, depois que aUnião Soviética assinou oPacto Molotov-Ribbentrop, mas foi ocupada pelaAlemanha de 1941–1944 e novamente chamou-se Dorpat. Desde 1944, ela passou a ser a Universidade de Tartu (1940–1941 e 1944–1989 "Universidade Estatal de Tartu"). Durante o período do controle soviético (1944–1991), oestoniano foi a principal língua de instrução, embora alguns cursos foram ensinados emrusso, e havia vários currículos russos. A total recuperação da autonomia acadêmica da Universidade aconteceu a partir de1992.
A última década tem sido marcada pelas mudanças organizacionais e estruturais, bem como pelas adaptações aos vários modelos universitários (estado-unidense, escandinavo, alemão) contra a herança deixada pelos soviéticos e germano-bálticos. Mais recentemente, a universidade foi e ainda está sendo marcada por adaptações peculiares daDeclaração de Bolonha em toda a Estônia e especialmente em Tartu, levando a mudanças importantes em currículos e estudos, bem como por uma forte tentativa de centralização organizacional. Os planos recentes também incluem a abolição do sistema de cadeiras (uma americanização) e defaculdades, que é provável que conduza a quatro grandes divisões (Ciências Humanas, Ciências Sociais, Ciências Naturais, e Medicina).
Os quatro museus da universidade, seu Jardim Botânico, e instalações esportivas estão, no geral, abertos ao público.
A Universidade possui cerca de 150 edifícios, trinta dos quais estão localizados fora de Tartu. Trinta e um de seus edifícios decoram a cidade como monumentos arquitetônicos. Porém, as atuais reformas incluem a intenção de vendê-los, ou de ter o Estado como co-patrocinador, vários desses edifícios e monumentos, bem como as instalações esportivas, não são vistas como propriamente uma função de ensino da universidade.
Ao mesmo tempo, há numerosos edifícios universitários recém construídos/reformados e alojamentos para os estudantes, tais como o Instituto de Tecnologia e o Centro Biomédico.
Na Universidade de Tartu, atualmente são produzidas mais de 3.300 publicações científicas todo ano. Cerca da metade de todas as publicações por cientistas estonianos em jornais (tais como "SCI Expanded", "SSCI" ou "A&HCI") são escritas por autores de Tartu.
A universidade coopera com empresas privadas, e atua como um núcleo para o desenvolvimento de firmasspin-off (exemplos recentes incluem aAsper Biotech e outras).
A Universidade assinou acordos de cooperação com 30 universidades e instituições de pesquisas do exterior, e 140 contratos para intercâmbio de estudantes e docentes internacionais dentro do "Programa Erasmus" daUnião Europeia.
Atualmente, aproximadamente 400 estudantes estrangeiros de 27 países estudam no sistema de intercâmbio na Universidade. A grande maioria vem da Finlândia, Suécia, Letônia, Rússia, dos Estados Unidos da América e Alemanha.
A Universidade de Tartu tem acordos de cooperação com as seguintes universidades até o momento. Esses acordos de cooperação podem incluir programas de intercâmbio de estudantes.Europa
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Die Universitäten Dorpat/Tartu, Riga und Wilna/Vilnius 1579-1979. Beiträge zu ihrer Geschichte und ihrer Wirkung im Grenzbereich zwischen West und Ost. Herausgegeben von Gert von Pistohlkors, Toivo U. Raun, Paul Kaegbein. Köln; Wien 1987 (Quellen und Studien zur baltischen Geschichte; 9). [Zweites Internationales Marburger Symposium zu Problemen der baltischen Sozial- und Kulturgeschichte]. [Lectures in German and English]ISBN 3-412-00886-9
Palamets, Hillar; and Tullio Ilomets (eds.) (1982).Alma mater Tartuensis: Tartu Riiklik Ulikool: 1632-1982 (em estónio). Tallinn: Eesti RaamatA referência emprega parâmetros obsoletos|coautor= (ajuda)
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Semel, Hugo (ed.) (1918).Die Universität Dorpat (1802-1918): Skizzen zu ihrer Geschichte von Lehrern und ehmaligen Schülern (em alemão). Dorpat (Tartu): H. Laakmann
