Logo que Saddam Hussein se tornou primeiro-ministro e presidente do Iraque, Aziz foide facto o chefe do governo. Devido a receios com a sua segurança, Hussein raramente viajava para fora do país, e Aziz, por sua vez, representava o país em cimeiras internacionais. Em Dezembro de 2002, Aziz designou a inspeção à existência de armas de destruição em massa "uma farsa" e a guerra "inevitável". Ao contrário de todos os outros líderes do Iraque, Aziz era umcristão católico de rito caldeu.[3]
Aziz (a esquerda) se encontrando com o então presidente russoVladimir Putin, em 2000.
Apesar de ser moderado, a sua longuíssima ligação até ao fim do regime fez com que empreendesse a fuga durante aInvasão do Iraque de 2003. Aziz rendeu-se às forças dos EUA em24 de abril de2003.
Em dezembro de 2005/janeiro de 2006, seu estado de saúde deteriorou-se gravemente mas sobreviveu.[carece de fontes?] Não é público o local onde se encontrava detido, mas segundo aPeacereporter estava na prisão de Camp Cropper, perto deBagdade.
Em janeiro de 2006 pediuasilo político àCroácia, país que se opôs à guerra no Iraque e que não tem militares no país.[4]
Em11 de março de2009 foi condenado peloAlto Tribunal Iraquiano a quinze anos de prisão por sua participação na autorização da execução de 42 comerciantes defarinha no Iraque em1992, condenados à pena máxima após julgamento sumário por desrespeito ao tabelamento de preços feito pelo governo de Saddam Hussein, após ser inocentado uma semana antes pela morte de manifestantes xiitas no país, em1999.[2]
Em26 de outubro de2010 a sua sentença foi revista e ele foi condenado à morte pelo Alto Tribunal por perseguições religiosas no Iraque durante o governo deSaddam Hussein.[5] Contudo, o então presidente do Iraque,Jalal Talabani, não assinou a ordem de execução de Aziz.[6]
Faleceu em5 de junho de2015 emNassíria, no hospital universitário Hussein, para onde foi levado quando o seu estado piorou. O antigo ministro sofria de insuficiência cardíaca e respiratória e tinha diabetes; os anos de prisão agravaram estes problemas.[3]