Seu primeiro jogo ocorreu apenas oito dias depois da criação da Sérvia e Montenegro, em partida válida pelas eliminatórias para aEurocopa de 2004, em um empate em 2 a 2 contra oAzerbaijão em 12 de fevereiro de 2003.[2] A nova seleção acabou não classificando-se para a competição, ficando um ponto atrás doPaís de Gales, que conseguiu a vaga para a repescagem. Em 2004, a equipe sub-21 trouxe resultados mistos: foivice-campeã continental da categoria e depois ficou em último lugar de seu grupo nasOlimpíadas de Atenas.
ACopa do Mundo de 2006 foi a última competição internacional disputada pela equipe, cujo país já não existia mais uma semana antes do torneio.[3] Pouco antes, no mesmo ano, o time sub-21 fizera novamente boa campanha no campeonato europeu, parando nas semifinais, nos pênaltis.
Apesar de ter sido considerada a melhor defesa das eliminatórias para a Copa de 2006, com apenas 1 gol sofrido (mesmo enfrentando bons adversários como Espanha, Bélgica e Bósnia), a equipe terminou em último lugar na competição, ironicamente com a pior defesa (10 gols sofridos), além de ter sofrido a pior goleada. Pelo nível técnico da equipe, acredita-se que a separação do país às vésperas do torneio foi fundamental para uma campanha tão pífia, e até oHino nacional da Iugoslávia, tocado antes de cada partida, era vaiado pela torcida. Os próprios jogadores decidiram não cantar o hino.[4]
Mas, antes mesmo de tal fator geopolítico, o ambiente já não estava bom: um dos convocados, o atacante reservaMirko Vučinić (um dos dois nativos deMontenegro chamados, ao lado do goleiro titularDragoslav Jevrić), teve de ser cortado por lesão. O técnico,Ilija Petković, resolveu convocar seu filhoDušan Petković para preencher a vaga.[5] O próprio Dušan, devido à polêmica criada, preferiu deixar a delegação, pois seu lugar não pôde ser novamente ocupado, pelas regras daFIFA.[6]
Ilija já havia polemizado antes ao não dar chances aDejan Petković (com quem não tem parentesco), que fazia sucesso noBrasil e que em opiniões tanto brasileiras quanto sérvias[7] (incluindo aí não só a imprensa local como também o capitãoSavo Milošević) tinha capacidade para estar no time,[8] mesmo aos 33 anos e sem nunca ter defendido a Sérvia e Montenegro (seu último jogo fora em 1999, ainda pelaIugoslávia[9]). Ilija declarara que o grupo planejado por ele para a Copa já estava fechado e que não seria justo dar lugar de alguém que se esforçara para levar o país ao Mundial.[8] Apesar disso, incluiu um novato em sua convocação original,Ivan Ergić.[10]
A campanha se iniciou com uma derrota de 1 a 0 para osPaíses Baixos, comArjen Robben marcando o único gol da partida. Neste jogo, a equipe perdeu o zagueiroNemanja Vidić,[11] que se lesionou e não pôde ser substituído. O selecionado, que já estava reduzido a 22 jogadores com o abandono de Dušan, ficou em 21. Os dias que se seguiram foram marcados pela revolta de alguns jogadores com as ideias do técnico.[12]
Cinco dias depois, sofreu a vergonhosa goleada de 6 a 0 para aArgentina, sendo o pior resultado internacional da Seleção Servo-Montenegrina. Na última rodada, já desclassificada, enfrentou aCosta do Marfim, que também havia sido eliminada matematicamente. Apesar de iniciar vencendo por 2 a 0 durante grande parte do primeiro tempo (gols deNikola Žigić eSaša Ilić), acabou perdendo de virada para osElefantes por 3 a 2. O país, que fora ao mundial com 23 jogadores, retornou prematuramente e com apenas 18 em condições de jogo, além de cinco multados por má conduta.[13] Ilija demitiu-se após a campanha.[14]
Por ter disputado apenas uma eliminatória, ter ido para aCopa de 2006 e depois o pais ter deixado de existir, a Servia e Montenegro tem um recorde juntamente comBrasil eAlemanha de nunca ter perdido uma eliminatória para a Copa.
Durante a Copa de 2006 a Sérvia e Montenegro não defendeu nenhum país existente. Isso foi decidido durante um conselho da FIFA que a seleção não representaria nem a Sérvia nem Montenegro.