A primeira grande competição que a Eslovênia participou foi a Eurocopa de 2000. Nas Eliminatórias, oseslovenos se classificaram após vencer asplayoffs contra aUcrânia. Na competição, começaram com um empate em 3 a 3 contra a Iugoslávia, com gols deZahovič ePavlin. Na segunda rodada, foram derrotados pelaEspanha pelo placar de 2 a 1. Três dias depois, fecharam sua participação na Eurocopa com um empate sem gols diante daNoruega. A Seleção Eslovena ficou em último lugar no grupo e não avançou à próxima fase.
A primeira participação daEslovênia em Copas do Mundo foi em2002, naCoreia do Sul/Japão. Na estreia, foram derrotados pelaEspanha por 3 a 1. Na segunda rodada, perderam para aÁfrica do Sul por 1 a 0, perdendo todas as chances de classificação para a segunda fase. Na última partida pela Copa, a Eslovênia perdeu novamente, desta vez para oParaguai.
A Seleção Eslovena conseguiu se classificar para a sua segunda Copa do Mundo em novembro de2009, quando venceu aRússia na repescagem europeia. No mundial, a Eslovênia estreou contra a seleção daArgélia, derrotando por 1 a 0, com gol deKoren. Na segunda rodada, precisava derrotar osEstados Unidos para avançar à segunda fase. Os eslovenos saíram na frente, com gols deBirsa eLjubijankič. Porém, os americanos empataram o placar com gols deLandon Donovan eMichael Bradley. Apesar do empate, os eslovenos continuaram na liderança do grupo após o empate da Inglaterra com a Argélia, mas precisavam empatar com osingleses para a seguir no mundial. Na última rodada, a Eslovênia ficou presa na defesa eJermain Defoe marcou o único gol da partida na vitória dos ingleses por 1 a 0. O resultado ainda garantia vaga na segunda fase, mas após o apito final, o americanoDonovan marcou o gol da vitória dosEstados Unidos sobre aArgélia, classificando os estadunidenses e eliminando oseslovenos.
Em 2009, uma nova diretoria da Federação Eslovena de Futebol optou imediatamente por uma mudança de cores. Em dezembro de 2009, a diretoria votou pela mudança das cores da camisa para o branco nos jogos em casa e o azul nos jogos fora de casa. As novas cores entraram em vigor em abril de 2012, quando a Nike revelou os novos kits domésticos. A camisa era toda branca com detalhes em azul e verde. O novo kit alternativo, que foi apresentado alguns meses antes, era todo azul com uma guarnição verde e branca. Em março de 2016, os novos kits foram revelados com a variação totalmente verde retornando como um kit reserva, enquanto o kit azul claro se tornou um kit doméstico.
Nos torneios da Copa do Mundo FIFA de 2002 e 2010, o kit esloveno incluía uma forma abstrata de montanha, uma representação estilizada deTriglav, a montanha mais alta do país estando presente em outros uniformes também como uma forma de identidade.
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