O clube nasceu em1985 da fusão deFC Paderborn eTuS Schloß Neuhaus. Assume o nome atual, mais curto, em1997. O Neuhaus foi criado em1907 comoSV 07 Neuhaus, que por sua vez se uniu aoTuS 1910 Sennelager, uma equipe local, para formar oTuS Schloss Neuhaus em1970. Neuhaus e Paderborn jogaram a terceira divisão pela maior parte da história, assim como o clube unificado.
A equipe é famosa por ter se envolvido em um imbróglio judiciário em2004. Em21 de agosto daquele ano o Paderborn derrotou surpreendentemente oHamburgo por 4 a 2, em um encontro válido pela Copa da Alemanha.
Em2005, veio a informação de que o árbitro da partida, Robert Hoyzer, havia recebido dinheiro de um sindicato de apostas croata para combinar o resultado, assinalando dois pênaltis em favor do Paderborn e um discutível cartão vermelho a um atleta do Hamburgo. Pouco tempo depois floresceram outros casos de apostas de resultados de partidas, quase todas de disputas oficiais, envolvendo treinadores e jogadores, os quais aceitavam somas de dinheiro em troca de influenciar os resultados das partidas.
O fato resultou no escândalo da Bundesliga de2005, o maior da história do futebol alemão, nos últimos trinta anos, a apenas um ano da Copa do Mundo, que foi realizada em solo alemão.