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ARecopa Sul-Americana de 2006 foi a 13.ª edição dotorneio, disputada em dois jogos de ida e volta, entre o brasileiroSão Paulo (vencedor daCopa Libertadores da América de 2005) e o argentinoBoca Juniors (vencedor daCopa Sul-Americana 2005). O Boca Juniors sagrou-se campeão pela terceira vez na história do torneio e pela segunda vez consecutiva.[1]
| Clube | Cidade | Classificação | Participação |
|---|---|---|---|
 Boca Juniors | Buenos Aires | Campeão daCopa Sul-Americana de 2005 | 4ª |
 São Paulo | São Paulo | Campeão daCopa Libertadores da América de 2005 | 3ª |
| 7 de setembro de2006 | Boca Juniors | 2 – 1 | São Paulo | La Bombonera,Buenos Aires (Argentina) |
Palacio 53' 63' | Thiago 30' | Público: 35,426 Árbitro:  Carlos AmarillaAuxiliares: Amelio Andino e Manuel Bernal |
     Boca Juniors |  São Paulo |
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| 14 de setembro de2006 | São Paulo | 2 – 2 | Boca Juniors | Morumbi,São Paulo(SP) |
| Júnior 34' Morel 85' (C) | Palacio 40' Palermo 75' | Público: 19,861 Árbitro:  Óscar RuizAuxiliares: Eduardo Botero e José Navia |
São Paulo | Boca Juniors |
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| Recopa Sul-Americana 2006 |
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 Boca Juniors Campeão (3º título) |
