As primeiras populações de que se tem conhecimento que habitaram as regiões marginais do rio da Várzea eram indígenas guaranis. Um grave declínio populacional seguiu-se após a expulsão das missões jesuíticas da região.[5] Na segunda metade do século XIX, o território que hoje constitui o município passou a ser ocupado por imigrantes italianos e alemães, oriundos da região deCarazinho,Chapada eSarandi.[6] Ao mesmo tempo, emPalmeira das Missões tomava lugar um intenso povoamento por famílias de origem portuguesa, que também passaram o ocupar o território barreirense.[5]
Notoriamente, Manoel Custódio foi um dos primeiros proprietários legais da terra conhecida comoPasso do Barreiro, ou pelo epônimoPasso do Manduca. A vila foi elevada a distrito de Palmeira das Missões em 17 de julho de 1959, com a divisão administrativa passando a ser denominadaDistrito de Barreiro.[7]
No contexto daredemocratização, iniciada com o final daditadura civil-militar no Brasil, a população barreirense, descontente com a administração palmeirense, começou a reivindicar melhorias no distrito. Emergiu, no começo da década de 1990, um movimento popular de cunho emancipacionista, que pleiteava a autonomia política do território barreirense, também influenciado por sentimentos semelhantes nas regiões mais próximas.[8] Em 9 de junho de 1990, formou-se a Comissão Emancipacionista, presidida por Rubens Furini e Arnildo Hendges, para levar adiante o processo legal de criação do município. Um plebiscito foi organizado pela Comissão em 10 de novembro de 1991,[5] recebendo a aprovação maciça da maioria da população.[8] Em 25 de fevereiro de 1992, aAssembleia Legislativa do Rio Grande do Sul aprovou a emancipação de uma série de municípios, incluindo o Barreiro.[5] Com a promulgação da lei n.º 9563, o município de Novo Barreiro foi emancipado no dia 20 de março de 1992.[9]