As causas podem ser muito variadas, mas as mais comuns são:
Má administração por parte dearmadores, responsáveis maiores das embarcações, que não levam em conta os efeitos de más condições atmosféricas (tempestades, aquecimento dos mares e seus efeitos) nas embarcações;
Perfuração do casco, o que permite a entrada de água na parte submersa;
Instabilidade: inclinação do navio até um extremo que impede que este volte a estabilizar;
Fatores meteorológicos: aprecipitação efenómenos meteorológicos podem provocar a instabilidade do navio, assim como causar o seu impacto contra sólidos que provocarão danos no casco, e que podem favorecer as condições para as causas de via aquática;
Falha de navegação: erro de origem humana ou tecnológica que possibilita a colisão do navio contra rochas submersas (agulhas de mar),icebergs ou contra outros navios;
Danos sofridos: destruição intencional do navio, que, normalmente, está motivada pela existência de uma guerra ou conflito. Neste caso, os danos podem ser causados por uma variedade de motivos, desde asabotagem até ao impacto de projéteis,mísseis etorpedos.
Oaço eferro, dependendo da espessura, podem reter a estrutura do navio por décadas. À medida que acorrosão ocorre, às vezes ajudada pelasmarés e peloclima, a estrutura entra em colapso. Objetos ferrosos grossos, como canhões, caldeiras a vapor ou o vaso de pressão de um submarino, muitas vezes sobrevivem bem debaixo d'água, apesar da corrosão.
Hélices,condensadores,dobradiças e orifícios das portas eram geralmente feitos de metais não ferrosos, como latão e bronze fosforoso, que não se corroem facilmente.
Já componentes demadeira expostos deterioram-se rapidamente. Muitas vezes, as únicas partes de madeira dos navios que restam depois de um século são as que foram enterradas em lodo ou areia logo após o naufrágio. Um exemplo disso éMary Rose.
Um barco que encalhe na costa não é considerado como vítima de naufrágio enquanto permanece no local até ser dado como perda total pelosArmadores e/ou pelas CompanhiasSeguradoras, quando o preço do reparo do chamado "Sinistro" for superior ao preço da embarcação nova.
