Neto do futebolistaMarquitos, que se destacou peloRacing Santander eReal Madrid e, filho do também futebolistaMarcos Alonso Peña, com destaque nos rivaisAtlético de Madrid eBarcelona, Marcos Alonso iniciou sua carreira nas categorias de base doReal Madrid, com apenas oito anos. Quando completou dezoito, passou a receber sua primeiras chances noReal Madrid Castilla. Durante o mesmo período, também passou a receber suas primeiras convocação para as categorias de base daEspanha, na época, para a sub-19.[1]
Em11 de dezembro de2009, recebeu sua primeira chance no elenco principal do Real Madrid, sendo chamado pelo então treinadorManuel Pellegrini, para uma possível ausência deMarcelo, na partida contra oValencia. Porém, sua estreia aconteceu apenas em4 de abril do ano seguinte, na partida contra oRacing Santander, substituindoGonzalo Higuaín aos noventa minutos de partida. Apesar de disputar apenas uma partida pela equipe principal do Real, Alonso foi contratado peloBolton Wanderers após o término da temporada, firmando um contrato de três temporadas.[2]
Em 31 de agosto de 2016, Marcos Alonso acerta sua ida para oChelsea da Inglaterra. Alonso teve uma temporada de estreia muito positiva com a camisa dos Blues. Com 6 gols marcados e 3 assistências foi peça importante da conquista do título daPremier League. Na temporada seguinte, mesmo com a campanha irregular do Chelsea que terminou o campeonato em 5° colocado, Alonso seguiu sendo um dos grandes destaques da equipe, sobretudo na construção de jogadas ofensivas, tendo marcado 7 vezes e anotado 2 assistências ao longo da Premier League.
Marcos Alonso deixou osBlues onde venceu seis títulos: um da Premier League, um da Copa da Inglaterra, uma Europa League, uma Champions League, uma Supercopa da UEFA e um Mundial de Clubes. Com camisa do Chelsea jogou 182 partidas, 29 gols e 19 assisntências.[3]
Em2 de maio de2011, Marcos Alonso foi preso pela polícia espanhola depois de seu envolvimento em um acidente de carro em Madrid. O carro colidiu com um muro, causando a morte de uma jovem de 19 anos. Ele foi acusado de conduzir a 112 km/h em via cuja velocidade máxima permitida era de 50 km/h. Além disso, havia ingerido mais álcool que o permitido por lei. A acusação pediu quatro anos de prisão para Alonso.
Alonso assumiu toda a culpa e espontaneamente pagou 200 mil euros à família da universitária por danos morais, além de arcar com os honorários advocatícios do caso, em valor que superou os 100 mil euros. A acusação retirou seu pedido de prisão e Alonso chegou a um acordo com a família da jovem para indenizá-los em mais 300 mil euros. Assim, a sua pena foi convertida numa multa de 61 mil euros à justiça e foi proibído de dirigir durante três anos e quatro meses.[7]