Nasceu numa família rica e abastada. O pai, Daniel Malkovich (n. 1926 – m. 1980), era engenheiro ambiental e administrador de uma linha de revistas da especialidade. A mãe, Joe Ann Malkovich (Choisser em solteira), era jornalista e diretora de um jornal estadual, oBenton Evening News. O trabalho de Daniel na área da conservação da natureza foi bastante notável, por isso a família Malkovich é conhecida por defender oambientalismo. John começou a representar a causa ainda como estudante, na Benton High School. Foi também um bomesportista.[5]
Tem uma sólida formação dramática, participou em mais de cinquenta montagens teatrais independentes como ator ecineasta, antes de triunfar no cinema no papel de Valmont emDangerous Liaisons (1988), deStephen Frears. Outros títulos destacados da sua filmografia sãoEmpire of the Sun (1987),Of Mice and Men (1992),In the Line of Fire (1993),Mary Reilly (1996) eRounders (1998). Em 1998, dirigiu o seu primeiro filmeDancer Upstairs, e em 2000 rodou naEspanhaPasos de baile, protagonizado porJavier Bardem.
Malkovich em 2015
Desenvolveu uma enorme paixão pelaFrança, passando aí grandes temporadas. É fluente nalíngua francesa e fez inclusive uma série célebreLes Misérables para televisão. Juntamente com o empresário da área da noite Manuel Reis, é proprietário de um bar-discoteca emLisboa, o Lux.
↑Coates, Sam; Anushka Asthana (3 de janeiro de 2004).«Timesonline». Londres.Follow that star (em inglês). Consultado em 20 de maio de 2010A referência emprega parâmetros obsoletos|coautores= (ajuda)
↑«Croatian Art». Croatianhistory.net. 2 de setembro de 1995. Consultado em 22 de dezembro de 2008
↑Kralev, Nicholas (15 de junho de 2002).«Seeing John Malkovich».Nicholaskralve.com.Financial Times. Consultado em 22 de dezembro de 2008. Arquivado dooriginal(reprint) em 4 de outubro de 2006