HomoloGene, uma ferramenta doCentro Nacional de Informações sobre Biotecnologia dos Estados Unidos (NCBI), é um sistema para detecção automatizada dehomólogos (similaridade atribuível à descendência de um ancestral comum) entre osgenes anotados de váriosgenomaseucarióticos completamentesequenciados.[1]
O processamento do HomoloGene consiste na análise de proteínas dos organismos de entrada. As sequências são comparadas usando oblastp (programas que pesquisam bancos de dados de proteínas usando uma consulta de proteína.),[2] então combinadas e colocadas em grupos, usando umaárvore taxonômica construída a partir da similaridade da seqüência, ondeorganismos mais próximos são combinados primeiro, e então outros organismos são adicionados à árvore. Os alinhamentos de proteínas são mapeados de volta para suas seqüências de DNA correspondentes e, em seguida, métricas de distância como distâncias moleculares deJukes e Cantor (1969), arelação Ka/Ks pode ser calculada.[3][4][5]
Homo sapiens,Pan troglodytes,Mus musculus,Rattus norvegicus,Canis lupus familiaris,Bos taurus,Gallus gallus,Xenopus tropicalis,Danio rerio
Drosophila melanogaster,Anopheles gambiae,Caenorhabditis elegans
Saccharomyces cerevisiae,Schizosaccharomyces pombe,Kluyveromyces lactis,Eremothecium gossypii,Magnaporthe grisea,Neurospora crassa
O HomoloGene está ligado a todas as bases de dados doEntrez e baseado em homologia e informaçãofenotípica destas ligações:
Como resultado, a HomoloGene exibe informações sobre genes,proteínas, fenótipos e domínios conservados.
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