Mercado foi revelado peloRacing em 2007, fazendo sua estreia em 21 de fevereiro de 2007, em jogo contra oSan Lorenzo, pelo Campeonato Argentino. Seu único gol pelo clube deAvellaneda ocorreu em 29 de novembro de 2009, na derrota para oBanfield.[1]
Em 2010, acertou com oEstudiantes, sendo vendido por 800 mil dólares.[2] Na equipe de La Plata, foi um dos destaques no título doApertura de 2010, marcando dez gols, sendo um deles na então despedida deJuan Sebastián Verón, na vitória sobre oOlimpo por 1–0.[3]
Em 2012, assinou com oRiver Plate, que voltava para a elite do futebol argentino depois de um inédito rebaixamento.[4]No River, viveu o auge de sua carreira, ganhando vários títulos, entre eles aCopa Libertadores de 2015.[5]Fez sua última partida em 31 de julho de 2016, contra o Rivadavia, pelaCopa Argentina, marcando um dos gols da vitória por 3–0.[6]
Em 4 de agosto de 2016, assinou por três temporadas com oSevilla.[7]Em sua primeira temporada, marcou gol nos dois jogos contra o rivalBetis, primeiro na vitória por 1–0 noRamón Sánchez Pizjuán, em 20 de setembro de 2016,[8] e na vitória por 2–1 noBenito Villamarín, em 25 de fevereiro de 2017.[9]
Após ficar 3 anos noSevilla e ficar sem clube depois do fim de seu contrato, Mercado foi anunciado como novo reforço doAl-Rayyan, do Qatar, em 11 de junho de 2019.[10]
Fez sua estreia pelo clube qatari em 30 de agosto de 2019, no empate de 0 a 0 com oAl-Gharafa, em jogo válido pela 2a rodada daQatar Stars League de 2019–20.[11]
Em 5 de julho de 2021, foi anunciado e assinou com oInternacional até dezembro de 2022, após ficar sem clube ao término de seu contrato com oAl-Rayyan. Seu número de camisa escolhido foi a camisa 25.[12]
“
Estou muito feliz por poder defender este grande clube, campeão do mundo (de clubes), campeão do Brasil, um grande time do nosso futebol. Tenho certeza de que vamos viver coisas muito boas juntos.[13]
”
— Gabriel Mercado, em entrevista de apresentação ao Internacional.
Em 15 de novembro de 2022, Mercado teve seu vínculo estendido até o fim da temporada 2023. Já que teve uma boa temporada, começando 32 das 62 partidas do time no ano.[14]