As origens da dinastia fatímida situa-se no ismailismo, uma corrente doislão xiita que consideravaIsmail como osétimo imã xiita. Os fatímidas alegavam ser descendentes deFátima, filha doprofetaMaomé e do seu maridoAli, o que explica a designação deFatímidas. Enquanto xiitas opunham-se ao califadosunita dosAbássidas(750–1258).
A dinastia foi fundada porAbedalá Almadi Bilá noséculo X. Abedalá vivia na cidade síria deSalamiyya, um dos centros a partir dos quais os ismailitas enviavam os seus missionários para os vários pontos do mundo islâmico, com objectivos não só religiosos, mas igualmente políticos. Abedalá decidiu deixar esta cidade por motivos obscuros, acabando por se fixar no norte de África, primeiro emSijilmassa, no sul deMarrocos, e depois naTunísia, onde um dos seus missionários,Abu Abedalá, tinha alcançado bons resultados no seu trabalho junto dosberberes da tribo doscotamas, ao mesmo tempo que procurava debilitar o poder da dinastia local, osaglábidas.
Abu Abedalá tomouRacada, a capital dos aglábidas no ano de 909. Em janeiro de 910 Abedalá chegou à cidade, onde tomou os títulos deMádi emiralmuminim. Rapidamente a dinastia passa a controlar oMagrebe. Em 921 Abedalá fixa-se numa nova cidade,Mádia ("a cidade do Mádi"), situada na costa leste da Tunísia, a sul deSusa. A partir desta cidade Abedalá pretendia conquistar o Egito, mas as três expedições militares lideradas pelo seu filho revelaram-se um fracasso.
O poder fatímida herdou dos aglábidas a ilha daSicília, cujo domínio se revelou difícil. A população local rejeitou dois governadores fatímidas, dado que tinham eleito um governador próprio, ibne Curube, partidário dos abássidas, que fez guerra aos fatímidas. Quando a Sicília foi derrotada, a população local decidiu livrar-se do governador e aceitou o novo governador enviado por Abedalá .
Os primeiros três califas governaram a partir da cidade de Mádia, enfrentando algumas dificuldades geradas pelos seus súbditos sunitas e carijitas, que não estavam dispostos a seguir a doutrina ismailita. Em 948, o terceiro califa,Ismail Almançor, transferiu a capital para a recém-construídaMançoria, situada junto aCairuão, a antiga capital aglábida.
No dia 1 de julho de 969 o generalJauar, o Siciliano, ao serviço do califaAlmuiz Aldim Alá, conquistou oEgito dosiquíxidas. Jauar mandou construir uma nova cidade, Alaíra ("a Vitoriosa"), conhecida no Ocidente comoCairo, perto da localidade deFostate. Esta cidade tinha como objectivo servir de quartel-general para o exército. É na cidade de Cairo que fundam a famosaUniversidade de Alazar emesquita com o mesmo nome. Foi ainda durante o califado de Almuiz que os fatímidas dominaram as cidades sagradas deMeca eMedina, que permaneceram sob controlo fatímida até aoséculo XI.
Foi a partir do final do califado de Aláqueme que se iniciou o declínio dos fatímidas. Ao estabelecerem-se no Egito, os Fatímidas perdem o controlo sobre o Magrebe, onde em 1014 tinha sido fundado oReino Hamádida deBugia. Em 1048 osZíridas (governadores do Norte de África) rejeitam a soberania fatímida.
Em 1073, um soldado de nomeBadre Aljamali levou a cabo um golpe de estado no Cairo. Aljamali concentrou o poder nas suas mãos, tomando os títulos de comandante dos exércitos e vizir. A ordem seria restabelecida, mas as tentativas de manter o domínio sobre a Palestina e a Síria resultariam num fracasso. Badre Aljamali seria sucedido pelo seu filho; a partir de então os califas fatímidas passaram a ser fantoches nas mãos dos vizires.