Papież prowadził także drugi spór z Cyprianem dotyczący biskupaMarcjana z Arles, który przyjął rygorystyczne zasady antypapieża Nowacjana i odmawiał rozgrzeszenia nawróconym apostatom[2]. Biskup Kartaginy domagał się usunięcia i ekskomunikowania Marcjana, lecz papież odmówił[2].
Wszystkie te wydarzenia wpływają na opinię jakoby Stefan I był władczym i bezkompromisowym papieżem[2]. WedługLiber Pontificalis zmarł jako męczennik i został pochowany wkryptach św. Kaliksta[2].
