Z kina jest znany dzięki dwóm filmom stworzonym we współpracy ze scenarzystąCharlie Kaufmanem –Być jak John Malkovich iAdaptacja. W pierwszym z nich, eksperymentalnej komedii,John Malkovich pastiszowo zagrał samego siebie. Bohaterem drugiego jest scenarzysta o nazwisku Charlie Kaufman (Nicolas Cage), zmagający się z niemocą twórczą i pracujący nad adaptacją książki Susan Orlean. Scenariusz (realnego) Kaufmana również został oparty na powieści Susan Orlean. ZaByć jak John Malkovich Jonze nominowano do Oscara (reżyseria). DostałOscara za najlepszy scenariusz oryginalny za filmOna.
Był także producentemJackass, serii programów zrealizowanych na zlecenieMTV.