Teren obecnegoParagwaju został odkryty w roku 1524 przez PortugalczykaAleixo Garcię i WłochaSebastiano Caboto, działających na służbie Korony hiszpańskiej. Przyszłą stolicę,Asunción, założył w roku 1537Juan de Salazar y Espinosa. Prowincję zorganizował dla Korony hiszpańskiej pod koniec lat 30. XVI wiekuJuan de Ayolas. W ten sposób rozpoczęła się długa historia kolonialna Paragwaju – aż do roku 1811, gdy kraj uniezależnił się od Hiszpanii.

Pierwotnie obszar współczesnego Paragwaju zamieszkiwaliIndianie, w szczególnościGuarani. W 1. połowie XVI rozpoczęło się osadnictwo europejskie przezHiszpanów; w 1537 roku założyli miastoAsunción. Chrystianizację Indian powierzonojezuitom, których misje (reducciones) poskutkowały powstaniemquasi-państwa, zwanego potocznie Republiką Guaranów. Do czasu likwidacji zakonu w 1767 władzę, zarówno duchowną, jak i świecką, sprawowali jezuici[1]. Zanim do tego doszło, przez blisko 150 lat zarządzali blisko 150 tys. Indian Guarani w około 30reducciones[2]. Po likwidacji zakonu państwo przeszło we władanie ówczesnej Hiszpanii. Do 1776 administracyjnie należało doWicekrólestwa Peru, a następnieWicekrólestwa La Platy. W latach 1717–1735 Paragwaj był objęty antykrólewskim powstaniem comuneros (Revolución Comunera). W 1810 doszło do obalenia władzy hiszpańskiej wBuenos Aires, w maju 1811 w Asunción wybuchło powstanie antyhiszpańskie[1]; 11 maja 1811 ogłoszono niepodległość[2].
Po obaleniu władzy hiszpańskiej szybko wyznaczonojuntę przewodzoną przezFulgencio Yegrosa, w rzeczywistości jednak większy wpływ miałJosé Gaspar Rodríguez de Francia. Kongres zwołany przez Francię 12 października 1813 proklamował utworzenie Republiki Paragwaju, uniezależniając ją od władz wBuenos Aires[2]. Pierwsze pół wieku niepodległości było dla Paragwaju okresem stabilizacji politycznej i rozwoju gospodarczego pod rządami Francii (od 1814 do 1840, kiedy zmarł[2]), następnie rodziny Lópezów –Carlosa Antonia (1844–1862) iFrancisca Solana (1862–1870). W międzyczasie – w 1842 – zniesiono niewolnictwo, a następnie za rządów Carlosa Antonia zlikwidowano misję kościelną (panowała polityka antyklerykalna). Paragwaj był państwem izolowanym –Brazylia uznała jego niepodległość w 1844[1],Argentyna w 1852, kiedy obalono ówczesnego dyktatora (Juan Manuel de Rosas)[2]. Paragwaj prowadził politykę samowystarczalności ekonomicznej, stworzono model państwa oegalitarnym społeczeństwie, w znacznym stopniu kontrolującym gospodarkę, dysponującym większością ziemi i posiadającym monopol w handlu zagranicznym[1]. Carlos Antonio López starał się w swoich rządach „otworzyć” Paragwaj na pozostałe państwa i postępującą modernizację[2].

W latach 60. XIX wieku Paragwaj był jednym z lepiej rozwiniętych gospodarczo państw wAmeryce Południowej. Stan zmieniła dopierowojna paragwajska tocząca się z koalicją Brazylii, Argentyny iUrugwaju w latach 1864–1870[1]. Urugwaj, wyniszczony przezwojnę domową, był zagrożony ze strony Brazylii. We wrześniu 1864 Francisco Solano López, zbyt wysoko oceniając możliwości militarne swoich wojsk, opowiadając się po stronie Urugwaju, postanowił zaatakować Brazylię. W listopadzie tego samego roku nakazał przejęcie brazylijskiego parowca i wysłał swoje jednostki doMato Grosso (wtedy jeszcze prowincji). Kiedy władze argentyńskie nie wyraziły zgody na tranzyt wojsk paragwajskich do Brazylii przez teren Argentyny, López w marcu 1865 wypowiedział wojnę również temu państwu. W maju 1865 został podpisany traktat o trójprzymierzu[2] pomiędzy Brazylia, Argentyną i Urugwajem (w którym ponownie doszło do zmiany władzy). Wojska paragwajskie idące na południe zostały rozgromione podUruguaiana (Brazylia) i próba ataku na północno-wschodnią Argentynę zakończyła się zwycięstwem sił trójprzymierza w 1865. Wojna paragwajska dalej toczyła się głównie w południowo-zachodnim Paragwaju w okolicyHumaitá. W maju 1866 López wysłał swoje wojska w okolice fortuTuyutí (Bitwa pod Tuyuti), starcie także zakończyło się klęską. Dalsze konflikty w latach 1866–1868 wraz z epidemią cholery[2] przetrzebiły populację Paragwaju, prowadząc do śmierci blisko 2/3 populacji[1]. López poległ wbitwie pod Cerro Cora 1 marca 1870[2].
Pomimo tego, że częściowy rozbiór Paragwaju pozbawił go na rzecz Argentyny i Brazylii ok. 25 proc. terytorium, to jednak ostatecznie udało mu się zachować niepodległość. Istnienie okrojonego państwa uratowała Brazylia, odrzucając argentyńską propozycję całkowitego rozbioru sąsiada i okupując zagrożone przez Argentyńczyków paragwajskie terytoria (chroniąc je w istocie przed zakusami Buenos Aires) aż do 1876 r.[3]
Po konflikcie z siłami trójprzymierza Paragwaj pogrążył się w chaosie politycznym. Argentyna wraz z Brazylią rozpoczęły okupację Paragwaju, która trwała do 1876. Rok później powstała konserwatywna Partia Czerwona[1] (Asociación Nacional Republicana – Partido Colorado) oraz Partia Liberalna[2]. Partia Czerwona sprawowała rządy do roku 1904, kiedy to miał miejsce przewrót liberałów (na czele stałBenigno Ferreira). Dzięki temu do władzy doszła Partia Liberalna (która rządziła krajem do 1940 roku[1]). W międzyczasie wyprzedano ziemie państwowe, co doprowadziło do powstania wielkich, prywatnych latyfundiów, i złamano monopol państwowy w handlu zagranicznym, dzięki czemu Paragwaj wyszedł z kryzysu gospodarczego i uzależnił się od obcych kapitałów. Jeszcze w latach 20. XX wieku istniało ryzyko wybuchu wojny domowej (na linii liberaliści–konserwatyści), nasilały się konflikty zBoliwią, które doprowadziły do wojny o Chaco[1].
Wwojnie o Pacyfik (zakończonej w 1884) Boliwia utraciła dostęp do morza. Możliwość połączenia z morzem dostrzeżono w rzeceParana. Władze boliwijskie zaczęły rościć sobie prawa do części terytorium spornego leżącego na terenieGran Chaco; wysyłały w głąb tego regionu zarówno osadników, jak i wojska. Doprowadziło to do wybuchu wojny o Chaco, która rozpoczęła się od nasłania wojsk boliwijskich na paragwajski fort 15 czerwca 1932. Ówczesny prezydent ParagwajuEusebio Ayala powierzył obronę kraju generałowiEstigarribia, dzięki któremu wojska boliwijskie zostały niemal całkowicie wyparte z Chaco[2]. 12 czerwca 1935 konflikt zakończono przez podpisanie traktatu o złożenie broni[2]. Trzy lata później przy okazji podpisania traktatu pokojowego Boliwia oddała Paragwajowi 3/4 terytorium spornego; konflikt zakończył się zwycięstwem dla Paragwaju[2].
W 1936 miał miejsce zamach stanu; członkowie ruchufebrerystów (febreristas) porwali i uwięzili Ayalę i Estigarribię[2]. Na krótko przejęli władzę, która upadła w 1937. Liberałowie organizowali program febrerystów, jednak krótko[1]. W 1939 Estigarribia został ponownie wybrany na prezydenta. 7 sierpnia 1940 zginął w katastrofie samolotu. Po jego śmierci władzę objąłHiginio Morínigo, który przywrócił rządy Partii Czerwonej nie licząc się ze zwolennikami liberalistów[2]. Znaczny wpływ na rządy zdobyła armia[1]. W Paragwaju w 1947 wybuchławojna domowa (marzec–sierpień). Rok później zwolennicy Partii Czerwonej usunęli ze stanowiska Morínigiego; przez następne sześć lat wybrano sześciu prezydentów[2]. W wyniku wojskowego zamachu stanu w 1954 władzę przejąłAlfredo Stroessner. Wcześniej, w trakcieII wojny światowej, Paragwaj opierał się naciskomaliantów, by ograniczyć wpływy niemieckie, dopiero w lutym 1945 wypowiedział wojnę państwomOsi. Koniunktura wojenna (szczególnie zapotrzebowanie na produkty rolne, będące towarem eksportowym Paragwaju) poprawiła sytuację gospodarczą państwa, na czym skorzystała armia, wzmacniając swoją pozycję[1].
W 1954 roku, w wyniku wojskowego zamachu stanu, władzę objąłAlfredo Stroessner. Stroessner podporządkował sobie i rozbudował prawicową Partię Czerwoną, która wraz z wojskiem stała się głównym filarem jego rządów. Członkowie proreżimowej partii cieszyli się ułatwionym dostępem do miejsc pracy i opieki zdrowotnej. Dyktator rządził zmieniając konstytucję tak, by mógł uczestniczyć w kolejnych wyborach i utrzymując stalestan wyjątkowy. Pod pozorami demokracji brutalnie zwalczał opozycję w kraju i za granicą. W kraju stosowano tortury (tj. rażenie prądem czy wbijanie szpilek w paznokcie ofiar), ofiarami zbrodni padali nawet senatorowie. Nagrania krzyków ofiar tortur reżim wysyłał rodzinom ofiar w celu wymuszenia na rodzinach wykupienie ciała zmarłych dysydentów. Do więzienia trafiały setki tysięcy osób a pozostałe tysiące znikały bez żadnego śladu. Wielu działaczy opozycji na skutek prześladowań znalazło się naemigracji (w trakcieoperacji Kondor przygotowanej we współpracy zCIA i innymi reżimami kontynentu)[4]. Pod jego rządami kraj stał siębezpieczną przystanią dla obalonych dyktatorów inazistowskich zbrodniarzy (m.in.Josef Mengele)[4]. Od drugiej połowy lat 50. reżim Stroessnera był zwalczany przez antyrządowąpartyzantkę, a od lat 60. takżeKościół katolicki[1].
W polityce gospodarczej rząd udzielił gwarancji (udogodnień) obcym inwestycjom, a dzięki bliskim relacjom zUSA uzyskał pomoc gospodarczą i kredyty międzynarodowych organizacji finansowych. Na bogaceniu się kraju wbrew propagandzie Stroessnera korzystali niemal wyłącznie posiadacze ziemscy i najbogatsi biznesmeni. Rząd w pewnej mierze utrzymywał się z przemytu, handlunarkotykami i nielegalną bronią[5]. W 1963 Stronessner przeprowadził reformę rolną (podział ziemi państwowej bez naruszania latyfundiów). W 1983 został wybrany na 7. kadencję. Obalono go 3 lutego 1989 w wyniku wojskowego zamachu stanuAndrésa Rodrígueza[2].
1 maja 1989 Rodríguez zwyciężył w wyborach (74% głosów za). Rodríguez był „człowiekiem numer dwa” w reżimie Stroessnera[6]. Uczestniczył on w przemytach i handlu narkotykami w trakcie rządów junty[6]. Niemniej jednak doprowadził on do znacznej demokratyzacji kraju. 20 czerwca 1992 wdrożono nową konstytucję. Nowy prezydent zezwolił nawolność prasy, zniósł zakaz tworzenia partii o danym stronnictwie i część represyjnych przepisów, zatwierdził prawa człowieka ustanowione przezONZ iOPA oraz nakazał uwolnić więźniów politycznych[2].
W następnych wyborach zwyciężył konserwatywnyJuan Carlos Wasmosy Monti. W czasie jego rządów dochodziło do licznych afer korupcyjnych, udziału wysokiej rangi urzędników i wojskowych w przemycie narkotyków, praniu brudnych pieniędzy i konfliktu z głównodowodzącym siłami zbrojnymi, generałemLino Oviedo, który w 1996 dokonał nieudanej próby zamachu stanu. W 1998 został kandydatem na prezydenta jako przedstawiciel Partii Czerwonej, jednak tuż przed wyborami sąd wojskowy skazał go na 10 lat więzienia. Zwyciężył inny przedstawicielcolorados –Raúl Cubas Grau[1]. Trzy dni po objęciu rządów w sierpniu 1998 uwolnił Oviedo. 23 marca zamordowano politycznego oponenta, jakim byłLuís María Argaña. W stolicy Paragwaju rozpoczęły się zamieszki, zwolennicy Oviedo otworzyli ogień do uczestników, którzy uważali generała za zamieszanego w morderstwo; zginęło 8 osób. Prezydent ustąpił i wyjechał do Brazylii, zaś Oviedo do Argentyny[2].
We wrześniu 2002 Transparency International uznała Paragwaj za najbardziej skorumpowany krajAmeryki Łacińskiej i 3. na świecie[1]. W kolejnych wyborach, 27 kwietnia 2003, wybrany zostałNicanor Duarte Frutos z Partii Czerwonej; w trakcie swoich rządów Duarte usunął z Sądu Najwyższego sześciu sędziów oskarżonych o korupcję. W czerwcu 2004 Oviedo wrócił z Brazylii i został skazany za wykroczenia z 1996 (zwolniono go warunkowo w 2007). W 2005 roku rozpoczęła się zbrojna rebelia partyzanckiejLudowej Armii Paragwaju stworzonej na bazie lewicowej Partii Wyzwolenia Ojczyzny. Walki z partyzantami toczą się do tej pory. Partyzanci przyjęli ideologię łączącą elementy boliwarianizmu, myśli lewicowej i programu Jose Rodrigueza de Francia (przywódcy kraju z XIX wieku). Rebelia uzyskała wsparcie armii partyzanckiejFARC zKolumbii a założyciele paragwajskiej grupy pierwsze akcje zbrojne przeprowadzili już w 1997 roku, ówcześnie przechodząc przeszkolenie partyzanckie wChile (z rąk członków Frontu Patriotycznego Manuela Rodrígueza)[7].
Wybory przeprowadzone 20 kwietnia 2008 roku dały zwycięstwo byłemu biskupowiFernando Lugo z centrolewicowej partii Alianza Patriótica para el Cambio, kończąc 62-letnie rządy Partii Czerwonej. W 2009 okazało się, iż Lugo dochował się syna, podczas gdy był jeszcze biskupem. Zarzekł się, że dokończy swoją 5 letnią kadencję[2]. Cztery lata później, 22 czerwca 2012 po procesieimpeachmentu parlament usunął z urzędu Fernando Lugo. Zastąpił go dotychczasowy wiceprezydentFederico Franco[8]. W przyspieszonychwyborach prezydenckich 21 kwietnia 2013 r. zwyciężył kandydat Partii ColoradoHoracio Cartes[9].