Od 1563 do 1571 roku przebywał na dworze swojego wuja,Filipa II, królaHiszpanii. Maksymilian II już w 1572 przeprowadził wybór Rudolfa na króla Węgier, a w 1575 roku na króla Czech. 27 października 1575 roku wRatyzbonie zostałvivente imperatore (za życia cesarza, czyli swojego ojca)wybrany na króla Niemiec, co gwarantowało mu dziedziczenie tytułu cesarskiego.
Rudolf II zamówił raz portret, na którym jest złożony z owoców, warzyw i kwiatów
W 1593 r., w odpowiedzi na najazd tureckiegobejaSerbii naChorwację, zaprzestał płaceniaImperium Osmańskiemutrybutu zWęgier i rozpocząłIII wojnę austriacko-turecką. Początkowo odnosił sukcesy, z czasem stracił kontrolę nad sytuacją. Polityką kontrreformacyjną wywołał na Węgrzech dwa powstania: w 1601 i1604 roku. Wskutek tego drugiego buntu utraciłSiedmiogród, opanowany w czasie walk z Turkami.
Prowadził pertraktacje zkrólem PolskiZygmuntem III Wazą w sprawie przekazania korony polskiejHabsburgom (Zygmunt liczył na odzyskanie tronu wSzwecji). Opozycja szlachecka w Polsce udaremniła jednak te plany.
Mimo że Rudolf II nie był entuzjastą Kościoła katolickiego, sprzeciwiał sięreformacji. Cesarz niechętnym okiem patrzył na jej postępy w Rzeszy i na samowolę książąt niemieckich. Gdy w 1607 roku wDonauwörth doszło do zamieszek na tle religijnym (luteranie napadli katolików), Rudolf ogłosił banicję miasta.Książę BawariiMaksymilian I, zobowiązany do egzekucji wyroku, opanował miasto i z pomocą jezuitów, drogą represji, pozbył się protestantów. W reakcji na to niemieccy książęta protestanccy zawiązaliUnię Ewangelicką, sojusz obronny przeciw katolikom. W 1609 roku zmarł bezdzietnie władca księstwJülich,Kleve iBergu wNadrenii. Rudolf, wbrew prawom dziedziczenia jego krewnych (elektora Brandenburgii i palatyna Neuburga), postanowił przekazać je swojemu sprzymierzeńcowi, elektorowiSaksonii. Konflikt przeciągnął się i zakończył dopiero po śmierci cesarza, który tymi działaniami spowodował eskalację napięcia religijnego w Niemczech.
W latach 1608–1609, obawiając się utraty władzy, wydał akty gwarantujące swobody wyznanioweprotestantom wCzechach i naŚląsku (tzw.List majestatyczny). Przyznawały one wolność kultu religijnego i budowania zborów, a także prawo do wyboru rzeczników społeczności protestanckiej, zwanych defensorami. Nie przestrzegał ich w praktyce, czym przyczynił się do wybuchuwojny trzydziestoletniej.
Rudolf II nigdy nie zawarłmałżeństwa i nie doczekał się legalnegonastępcy, co spowodowane było lękiem przed wypełnieniem sięprzepowiedniastrologicznej, zgodnie z którą stracić miałtron na rzecz swego prawowitego spadkobiercy (co zresztą rzeczywiście nastąpiło, wobec braku potomstwa jego następcą był bowiem bratMaciej, który doprowadził ostatecznie do usunięcia Rudolfa z tronu).
Cesarz posiadał mimo to liczne potomstwo z nieprawego łoża. Jednym z jego nieślubnych synów byłmarkizJulius d’Austria, znany jako niezrównoważony psychiczniemorderca.
Rudolf wykazywał pogłębiające się z wiekiemzaburzenia psychiczne spowodowane najprawdopodobniej postępującą, wrodzonąkiłą. Dręczyły go częste stanylękowe oraz obsesje na tlereligijnym, w akcie szału dopuścił się nieudanej próby morderstwa, po której usiłował popełnićsamobójstwo. Ulegał bardzo silnym wpływomfilozofii hermetycznej oraz innych prądówokultystycznych ikabalistycznych. Jego praski dwór stał się oazą dla rozmaitej maści czarowników, alchemików,astrologów irabinów-kabalistów, w których wiedzę i zdolności cesarz pokładał bezgraniczną ufność.
Rudolfa cechowała bardzo chwiejna postawa wobecKościoła. W okresach szczególnego nasilenia objawów choroby ostentacyjnie odrzucał wiarę katolicką – deklarując postawę zbliżoną dosatanizmu – oddawał się praktykowaniu wiedzy tajemnej. Widok duchownych, których na podstawie przepowiedni posądzał o spiskowanie przeciw niemu i nastawanie na jego życie, budził w nim wówczas paniczny lęk.
Cesarz, oddany swoim zainteresowaniom, mało interesował się sprawami państwa, wsławił się jednak jako protektor kultury i nauki. Na jego dworze działali astronomowieTycho Brahe iJan Kepler. Rudolf kolekcjonował też dzieła sztuki. Z czasem stawał się coraz bardziej bierny wobec wydarzeń politycznych i tracił kontrolę nad sytuacją, zwłaszcza na froncie tureckim. W kwietniu 1606 roku członkowie rodziny Habsburgów zadecydowali o przekazaniu władzy na Węgrzech bratu Rudolfa,Maciejowi. W 1608 roku Maciej, mając poparcie stanów austriackich, wymógł na Rudolfie przejęcie władzy także wAustrii i naMorawach oraz pozwolenie na koronację królewską na Węgrzech (traktat w Lieben, 25 czerwca 1608). W 1611 roku Maciej koronował się na króla Czech, a Rudolf, pozbawiony wpływu na politykę, pozostał jedynie formalnie cesarzem rzymskim.
Rudolf, z Bożej łaski uświęcony i wybrany cesarz rzymski, po wieki August, król Niemiec, Węgier, Czech, Dalmacji, Chorwacji, Slawonii, etc. etc. arcyksiążę Austrii, książę Burgundii, Brabancji, Styrii, Karyntii, Karnioli, margrabia Moraw, książę Luksemburga, Górnego i Dolnego Śląska, Wirtembergii, Teck etc. książę Szwabii, hrabia Habsburga, Tyrolu, Ferreti, Kyburga, Gorycji etc. landgraf Alzacji, margrabia Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Burgau, Górnych i Dolnych Łużyc etc. pan Marchii Wendyjskiej, Salin, Port Naon etc. etc.