WedługManetona panował 53 lata,Kanon Turyński podaje 20 lat[1]. Współcześni autorzy podają różne okresy: od 20 lat samodzielnych rządów (Goedicke), poprzez 32 lat (Hornung), co najmniej 40 lat (Grimal), 44 lata (Vercouter) do 50 lat (Baud/Dobrev). Faktem jest, że wiele zachowanych zabytków pochodzi z roku po 18 spisie ludności (odbywającym się w Egipcie co 1,5 lub 2 lata) czyli roku pierwszegoświęta sed (które najczęściej miało miejsce po 30 latach panowania).
Obie królowe Anchnesmerire były córkamigórnoegipskiego dostojnika, przypuszczalnienomarchy zAbydos. Pepi poślubił Anchnesmerire II po śmierci swojej żony i starszej siostry nowej królowej. Niektórzy sądzą, że imiona Chui i Nebet były imionami pierwotnymi sióstr, używanymi przez nie do czasu zamążpójścia i przybrania dworskiego imienia Anchnesmerire (Schneider). Inni uważają, że Chui było imieniem ojca sióstr, ślub z jego córkami był wyrazem wdzięczności dla dostojnika, który pomógł odzyskać władzę prawowitemu władcy (Kwiatkowski). Mocne powiązania między domem panującym a rodzinąarystokraty z Abydos potwierdza również fakt powierzenia godnościwezyra jego synowi o imieniuDżau.
Pepi objął władzę w bardzo młodym wieku poUserkare,uzurpatorze i prawdopodobnym przywódcy opozycji i spisku, w wyniku którego zamordowany został prawowity władca, ojciec Pepiego, Teti (Helck, za Manetonem). Istnieje takżehipoteza, że Userkare sprawował rządy w imieniu niepełnoletniego jeszcze władcy wraz z jego matką Iput jakoregentką (Grimal). Niemniej jednak w osobie Pepiego I władza powróciła w ręce prawowitego dziedzica tronu po oficjalnym okresie regencji jego matki Iput I, wdowy po Tetim. Zaraz po wstąpieniu na tron przybrał imię Nefersahor (egip.Dobra jest opieka Horusa), które następnie zmienił, nie wiadomo z jakiego powodu, na Merire (egip.Umiłowany przez Re). Według niektórych zmiana ta miała być wyrazem chęci nawrotu do dawnych wartości (Grimal). Jednym z pierwszych jego działań było również ukaranie morderców ojca, imiona i podobizny zdrajców starto ze ścian i wrót ich grobowców.
Przez cały okres jego panowania dają się zauważyć napięcia wewnętrzne. Wyrazem ich są dwa znane spiski przeciwko Pepiemu, pierwszy – wyżej wspomniany – zainicjowany przez jego pierwszą żonę, i drugi pod przywództwem odsuniętego od łask wezyra Rewera (Kanawati). Również poślubienie dwóch sióstr z Abydos było najprawdopodobniej związane z chęcią zdobycia silniejszego oparcia dla swoich rządów i wyrazem wdzięczności za dotychczasowe poparcie, jak i chęcią mocniejszego związaniaGórnego Egiptu z domem panującym i zapewnienia wewnętrznej stabilizacji (Helck, Grimal). Znane są imiona wielu wezyrów i wyższych urzędników z okresu rządów Pepiego, co może świadczyć o częstej ich zmianie i (lub) też o znacznej długości rządów Pepiego.
Za jego czasów pogłębił się proces stopniowego wzrostu wpływów lokalnych wielmożów, do czego przyczynił się sam władca, rozdając liczne zaszczyty, tytuły dworskie i dobra rodzinie swoich żon, nie pochodzących przecież z rodu królewskiego. Miało to na pewno demoralizujący wpływ na wyższych urzędników, a w perspektywie kilkudziesięciu lat przyczyniło się do schyłku Starego Państwa i zapoczątkowania okresu rozbicia jedności kraju, znanego jakoPierwszy Okres Przejściowy.
Pepi I prowadził również bardzo aktywną i rozległą działalność budowlaną, prowadząc wielkie prace w świątyniach wDenderze,Abydos,Bubastis,Koptos,Tanis,Heliopolis,Armant iEdfu, naElefantynie i wHierakonpolis, gdzie znaleziono dwie jegomiedziane statuetki, przy czym istnieją wątpliwości, czy przypadkiem druga statuetka nie przedstawia jego syna Merenre I (Tiradritti / De Luca, Grimal). Zachowało się niewiele pozostałości po budowlach o charakterze sakralnym, wzniesionych przez Pepiego.
Panowanie Pepiego I przebiegało pod znakiem ekspansjiEgiptu wNubii oraz rozwoju kontaktów handlowych zLibanem (Byblos) oraz krajami położonymi nasomalijskim wybrzeżu Afryki (Punt). Znanych jest 5 wypraw przeciwkoBeduinom naSynaju w celu ochrony tamtejszych kopalnimiedzi.
Pepi I pochowany został wSakkarze. Jego kompleks grobowy znajduje się w sąsiedztwie kompleksów grobowych innych władców z V i VI dynastii. Kompleks ten, którego nazwa brzmiMen-nefer-Pepi (egip.Trwały i Piękny-jest-Pepi), da później nazwę nieopodal położonemu miastu („miastu przy piramidzie”),Memfis. Jest togreckatranskrypcja tej nazwy.