OśrodekHeeresversuchsanstalt (Wojskowy Instytut Badawczy) założony został w roku 1937, gdy istniejący podBerlinem doświadczalny ośrodek rakietowy w pobliżu wsiKummersdorf-Gut okazał się niewystarczający. Położone na wybrzeżu Bałtyku Peenemünde zapewniało ośrodkowi bezpieczeństwo i pozwalało na kontrolę lotu próbnych egzemplarzyrakiet na przestrzeni ponad 350 kilometrów.
Faktycznie ośrodek doświadczalny Peenemünde składał się z dwóch niezależnych jednostek doświadczalnych, jednej działającej pod nadzorem Wojsk Lądowych – Heer, drugiej działającej pod nadzoremLuftwaffe. Heer nadzorowało Zakłady Doświadczalne (niem.Entwicklungswerk), oficjalnie nazywanePeenemünde-Wschód, zajmujące się budową rakiety pionowego startu, znanej później jako V-2. Kierownikiem ośrodkaPeenemünde-Wschód został gen.Walter Dornberger, dyrektorem technicznym ośrodka, kierującym pracami badawczymi –Wernher von Braun. Ośrodek doświadczalny Luftwaffe, nazywanyPeenemünde-Zachód, prowadził próby prototypów samolotów i nowych broni lotniczych. Od 1942 r. w tym ośrodku realizowany był najważniejszy projekt Luftwaffe:Fi-103 – budowa bezpilotowego samolotu-pocisku, znanego później pod nazwą V-1. W części ośrodka zajętej przez Luftwaffe (Peenemünde-Zachód) znajdowało się lotnisko, do ośrodka doprowadzona była linia kolejowa[4]. W skład kompleksu wchodziła też fabryka stężonegonadtlenku wodoru, służącego jako utleniacz paliwa rakietowego. Energię potrzebną do produkcji zapewniała węglowa elektrownia znajdująca się na brzegu rzeki.
Prace nad nową bronią Luftwaffe Fi-103 – bezzałogowym samolotem-pociskiem o napędzie odrzutowym – nazwanym późniejV-1 (niem.Vergeltungswaffe-1, broń odwetowa nr 1) rozpoczęto w początkach roku 1942. Prace nad pociskami rakietowymi prowadzone były od początku lat 30., początkowo w doświadczalnym ośrodku rakietowym w lasach na południe od Berlina, w pobliżu wioski Kummersdorf-Gut, a w 1937 r. przeniesione zostały do nowego ośrodka doświadczalnego w Peenemünde. Pierwszy lot rakiety balistycznej skonstruowanej w tym ośrodku, oznaczanej wówczas jako A4 (niem.Aggregat 4) nastąpił 3 października 1942 r.[5] Rakieta ta otrzymała później oznaczenieV-2 (niem.Vergeltungswaffe-2, broń odwetowa nr 2).
W połowie lata 1943 r. zakończone zostało testowanie pocisków rakietowych A4/V-2 i uruchomiona została linia montażowa tych rakiet w ośrodku doświadczalnym w Peenemünde[4].
Przy okazji badań nad bronią rakietową opracowano w Peenemünde pod kierownictwemJohannesa Plendla systemy radarowe do nawigacji nocnej oraz wdrożono pierwszy w świecie systemtelewizji przemysłowej.
Informacje o pracach prowadzonych przez Niemców w Peenemünde docierały na Zachód głównie dzięki wywiadowi polskiejArmii Krajowej,siatce wywiadowczej zorganizowanej i dowodzonej przez płk. Mariana Drobika "Dzięcioła" szefa wywiadu AK, który zbierał informacje wśród Polaków-pracowników przymusowych zatrudnionych w tych zakładach.
Podczas wojny Peenemünde było kilkakrotnie bombardowane przez lotnictwo bombowe brytyjskie (RAF) i amerykańskie (USAAF). Pierwszy nalot przeprowadzony został przez brytyjskie lotnictwo bombowe w nocy z 17 na 18 sierpnia 1943 r.[6] podczas tak zwanej „Operacji Hydra”. W nalocie udział wzięło 596 samolotów bombowych RAF, które zrzuciły 1795 ton bomb[4]. W wyniku ataku zginęło, według oficjalnych danych niemieckich, 815 osób, głównie jeńców wojennych orazWalter Thiel, szef prac nad silnikami. Celem nalotu RAF był tylko ośrodek HeerPeenemünde-Wschód konstruujący rakiety V-2, wywiad ani dowództwo brytyjskie nie zdawało sobie sprawy z położonego w jego sąsiedztwie ośrodka doświadczalnego LuftwaffePeenemünde-Zachód, zajmującego się konstruowaniem m.in. broni V-1.
W lipcu i sierpniu 1944 r. amerykańskie lotnictwo bombowe USAF przeprowadziło trzy naloty na Peenemünde, bombardując tym razem także ośrodek doświadczalny LuftwaffePeenemünde-Zachód. 18 lipca 1944 r. miał miejsce pierwszy z tych trzech nalotów na Peenemünde. W przeciwieństwie do nalotu RAF był to nalot dzienny, przeprowadzony pod osłoną lotnictwa myśliwskiego. 379 ciężkich bombowców B-17 „latające fortece” zrzuciło 920,6 ton bomb na Peenemünde[4].
Po zakończeniu wojny większość naukowców pracujących w Peenemünde została przechwycona i wywieziona do Stanów Zjednoczonych w trakcieoperacjiPaperclip („spinacz”) przeprowadzonej przez amerykańskie służby specjalne. Natomiast Brytyjczycy i Sowieci przechwycili pracowników technicznych z Peenemünde. Na mocy porozumień pomiędzy aliantami ośrodek w Peenemünde został zniszczony. Ocalała jedynie elektrownia, funkcjonująca do upadkuNiemieckiej Republiki Demokratycznej a obecnie przerobiona na muzeum, lotnisko i linia kolejowa do pobliskiego uzdrowiska w Zinnowitz.
W roku 1992 otworzono w Peenemünde centrum historyczne w jednym ze schronów obsługi i na terenie dawnej elektrowni. Prezentowane są w nim informacje dotyczące historii osady, a szczególnie okresu prac nad bronią rakietową.