Historia Pearl Jam ma swój początek w pierwszej połowie lat osiemdziesiątych XX wieku. Wtedy to poznali się gitarzyściStone Gossard iMike McCready oraz basistaJeff Ament. O ile znajomość dwóch pierwszych z nich była wówczas dość powierzchowna (McCready prawdopodobnie udzielił jedynie kilku porad Gossardowi dotyczących grania na gitarze[2]) to między Amentem i Gossardem zrodziła się wieloletnia przyjaźń. Wspólnie zMarkiem Armem,Steve'em Turnerem iAlexem Vincentem założyli w1984 roku zespółGreen River, dziś uznawany za jeden z pierwszych reprezentujących gatunekgrunge[2].
Pod koniec roku1987 Ament i Gossard zaczęli grać zAndrew Woodem, wówczas wokalistąMalfunkshun(inne języki). Współpraca układała się na tyle dobrze, że postanowili założyć zespół, przyjął on nazwęMother Love Bone. Oznaczało to koniec istnienia Green River. W1989 roku Mother Love Bone podpisało wysoki kontrakt płytowy z wytwórniąPolyGram[3]. Ich debiutancki albumApple ukazał się w roku1990, sześć miesięcy po tym jak Wood przedawkowałheroinę.
Śmierć wokalisty zakończyła działalność Mother Love Bone. Po rozpadzie grupy Ament zagrał kilka koncertów z zespołem Luv Company. Nie było to jednak poważne przedsięwzięcie, a bardziej luźno związana grupa muzyków, której istnienie miało służyć głównie wspólnemu jammowaniu i dobrej zabawie. Gossard zaś odświeżył znajomość z McCreadym. Zaczęli regularnie jammować, a wkrótce przyłączył się do nich również Ament. W tym samym czasieChris Cornell, wokalistaSoundgarden skomponował dwie piosenki jako hołd dla zmarłego Andrew Wooda. O pomoc w ich nagraniu zwrócił się do Amenta, Gossarda, McCready'ego iMatta Camerona (perkusista Soundgarden). Ta współpraca zaowocowała powstaniem albumuTemple of the Dog, którego tytuł (zaczerpnięty z jednego z wersów piosenkiMan Of Golden Words Mother Love Bone) był też nazwą zespołu[4].Równocześnie z pracą nad tym projektem Gossard, Ament, McCready i Cameron nagrali kilka instrumentalnych piosenek, które miały być zalążkiem powstania nowego zespołu. Aby mógł powstać, potrzebny był jeszcze wokalista oraz perkusista (Cameron nie chciał rezygnować z grania w Soundgarden). Z propozycją objęcia tej drugiej funkcji zwrócono się doJacka Ironsa – ten odmówił, lecz otrzymane nagranie demo zespołu przekazał swojemu znajomemu zSan Diego, wokaliścieEddiemu Vedderowi. Vedder dograł partię wokalną do trzech piosenek (Once, Alive, Footsteps), przesłał nagranie doSeattle i został przyjęty jako wokalista[5][6]. Perkusistą grupy został ostatecznieDave Krusen.22 października1990 roku zespół zagrał swój pierwszy koncert w klubie Off Ramp, w Seattle, pod nazwą Mookie Blaylock. Ten dzień jest uznawany za oficjalną datę powstania zespołu.
Nazwa Mookie Blaylock wzięła się odkoszykarza o tym nazwisku grającego ówcześnie w zespoleNew Jersey Nets, ale ostatecznie została zmieniona na Pearl Jam. Debiutancki album grupa zatytułowała numerem z jakim grał Blaylock, tj. 10 (Ten)[6][7].
Ten – pierwszy album – składa się z 11 piosenek, których tematem przewodnim jest śmierć i seryjni mordercy, a także wątki biograficzne Veddera. PiosenkaAlive dotyczy chwil, gdy Eddie dowiedział się, że człowiek, którego uważał za ojca jest w rzeczywistości jego ojczymem, zaś prawdziwy ojciec, znany przez Veddera jako „przyjaciel rodziny” zmarł na stwardnienie rozsiane. PiosenkaWhy Go jest o przyjaciółce Eddiego z okresu nastoletniego, którą po przyłapaniu na paleniu marihuany zamknięto w szpitalu psychiatrycznym. PiosenkaJeremy opowiada historię chłopca, który zastrzelił się na oczach całej klasy. PiosenkaRelease, to słowa skierowane do prawdziwego ojca Eddiego. PiosenkiOnce,Alive i nieobecna na płycieFootsteps są często interpretowane jako historia seryjnego mordercy (Momma Son trilogy).
Od zespołu odszedł dotychczasowy perkusista, którego zastąpiłDave Abbruzzese. Na okres wydaniaVs. przypadły kłopoty z Ticketmasterem – firmą organizującą koncerty. Długo trwający proces zespół przegrał, a dodatkową stratą był brak możliwości organizowania wielkich koncertów w czasie trwania postępowania. Kolejna płytaVitalogy rozpoczyna okres eksperymentów zespołu. Utwory takie jakBugs,Aye Davanita czyHey, Foxymophandlemama, That's Me zrywają z dotychczasową grunge'ową konwencją i stanowią częściowo zapowiedź drogi, którą w przyszłości podąży zespół. Na płycie znajduje się utwórImmortality, który jest najprawdopodobniej poświęconyKurtowi Cobainowi (wokaliścieNirvany), a właściwie jego śmierci.
Wydana w roku1996 płytaNo Code może być traktowana jako przełomowy moment w historii Pearl Jam. Nagrana w całości z nowym perkusistą,Jackiem Ironsem, jest bardzo różnie odbierana przez fanów. Dynamiczne, agresywne, grunge'owe utwory w rodzajuHabit czyLukin kontrastują na niej ze spokojnymi, wyciszonymi kompozycjami takimi jakOff He Goes,Present Tense iWho You Are.
Yield miał być próbą powrotu do „rockowych” korzeni. Nie odniósł on jednak sukcesu na miarę swych poprzedników. Nastąpiło niemal zupełne zerwanie z grunge'ową konwencją. Zespół prezentuje się na tej płycie bardzo dojrzale, zarówno w sferze muzycznej jak i lirycznej. Pearl Jam wrócił do nagrywania teledysków (zaprzestał tego poTen) – powstał animowany wideoklip do utworuDo the Evolution, a także koncertowy zapisBrain of J.. W trakcie trasy koncertowej promującej ten album Jack zachorował i zastąpił go Matt Cameron, który w końcu został na stałe perkusistą zespołu.
Trasa koncertowa promująca albumBinaural zaowocowała kolekcją płyt z nagraniami z prawie wszystkich koncertów (w tym dwóch z Katowic, z 15 i 16 czerwca 2000 r.).
Riot Act – kontynuując tradycję, zawiera między innymi utwórBu$hleaguer, w którym Vedder krytykuje prezydentaGeorge'a W. Busha, a takżeLove Boat Captain, nagrany w hołdzie ofiarom tragedii, jaka wydarzyła się podczasfestiwalu w Roskilde w roku2000.
W2006, po 4 latach milczenia, zespół wydał płytę zatytułowaną po prostuPearl Jam. Album jest powrotem do agresywniejszego brzmienia zespołu, aczkolwiek nie brakuje na nim i ballad. Warstwa liryczna utworów skupia się na sytuacji społecznej we współczesnych społecznościach zachodnich – poruszane są takie tematy jak wojna (widziana z rozmaitych perspektyw), bezrobocie czy polityka. Nie ma jednakże bezpośrednich odwołań do konkretnych postaci bądź wydarzeń. Znalazło się też miejsce dla piosenek z tekstami bardziej osobistymi, jak na przykład („Come Back”) – wbrew pozorom nie jest to piosenka miłosna lecz swojego rodzaju 'requiem' dlaJohnny'ego Ramone'a.
Po premierze albumu zespół wyruszył w długą trasę koncertową obejmującą trzy kontynenty: Australię, Amerykę Północną oraz Europę. W roku 2007 Pearl Jam wznowił tournée występując kilkakrotnie na Starym Kontynencie. W ramach tej trasy grupa odwiedziła ponownie Polskę –13 czerwca zagrali koncert naStadionie Śląskim w Chorzowie. Ich występ poprzedziły występyLinkin Park.
18 września w 2009 roku zespół wydał następny album zatytułowany Backspacer. Tytuł nawiązywał do żółwia, sponsorowanego przez zespół, który startował w swoistych zawodach, których celem było zwrócenie uwagi na niebezpieczeństwa czyhające na podróżujące żółwie olbrzymie. Album obejmuje 11 utworów, a The Fixer jest singlem promującym płytę. Wydanie płyty poprzedziła w sierpniu krótka europejska trasa obejmująca 5 koncertów. Zespół zagrał na tych koncertach kilka piosenek z nadchodzącej płyty, m.in. Got Some, The Fixer, Supersonic.
Kolejny film o zespole to PEARL JAM – LET'S PLAY TWO z 2017 roku w reżyserii Danny'ego Clincha. Opowiada o przygotowaniach do koncertu na stadionie Wrigley Field.