Po śmierci ojca w 1290 odziedziczył razem z braćmiLudwikiem III (zm. 1296) iStefanem I (zm. 1310) księstwo DolnejBawarii. Zaangażował się militarnie w konflikt pomiędzy królami NiemiecAdolfem z Nassau aAlbrechtem I Habsburgiem, początkowo wspierał Adolfa, potem po przegranejbitwie pod Göllheim (1298) i śmierci Adolfa, przeszedł na stronę Habsburga. W następnych latach znów zmienił front, tym razem stając po stronie króla CzechWacława II. Dzięki temu, w czasie walk o tron węgierski jakie toczyły się od 1301 po śmierciAndrzeja III, ostatniego króla Węgier z dynastiiArpadów, pomiędzyPrzemyślidami,Habsburgami aAndegawenami, Otto Bawarski (będący wnukiem Beli IV) w 1305 przejął od Wacława II prawa do Korony Świętego Stefana. W tym samym roku przybył na Węgry, gdzie przy poparciu części szlachty koronował się na króla, przyjmując imię Beli V. Przez kolejne dwa lata Otto musiał zmagać się z popieranym przez papiestwo i resztę panów węgierskich pretendentem do koronyKarolem Robertem Andegawenem (który z kolei po kądzieli był potomkiemStefana V). W 1307 Otto został uwięziony przez wojewodęsiedmiogrodzkiego, który był stronnikiem Karola Roberta. Ottonowi udało się uciec z niewoli, poprzezŚląsk wrócił do Bawarii, nie zrzekając się praw do korony węgierskiej, jednakże nie przedsięwziął żadnej akcji przeciwko Andegawenowi, któremu w krótkim czasie udało się opanować całe Węgry. Po powrocie do Bawarii Otto wdał się w wojnę z Habsburgami (1309–1311), jednak nie przyniosła mu ona żadnych korzyści.
Otto Bawarski zmarł 9 września 1312 r., do końca życia tytułując się królem Węgier.
Pierwszą żoną Ottona była Katarzyna (zm. 4 kwietnia 1282), córka królaRudolfa I Habsburga. Para pobrała się w styczniu 1279 i miała razem dwóch synów bliźniaków:
Henryka (ur. i zm. 1280)
Rudolfa (ur. i zm. 1280)
Drugą żoną byłaAgnieszka, córkaksięcia głogowskiegoHenryka III głogowskiego. Ślub Ottona i Agnieszki miał miejsce 18 maja 1309 wStraubing. Małżeństwo to było elementem planów dynastycznych ojca Agnieszki, który w ten sposób szukał nowych sojuszników do walki o tron Polski. Z małżeństwa tego pochodzili:
Po śmierci męża Agnieszka Głogowska poślubiła w 1329 hrabiego Alrama von Hals, który jednak zmarł już w 1331 r. Dwukrotna wdowa zmarła w 1361, do końca życia, podobnie jak Otto, używając tytułu królowej Węgier.