Frederiksen rozpoczął karierę jako pierwszy trener wLyngby Boldklub w 2009 roku, po prawie dwudziestu latach spędzonych jako trener młodzieży wdrużynach B 1913,B.93 i Lyngby. Pozostał na tym stanowisku przez prawie cztery lata. Następnie był treneremEsbjerg, co doprowadziło ich do piątego miejsca w krajowej lidze, a także do najlepszego wyniku w historii ich występów w europejskich pucharach: 1/16 finałuLigi Europy, w której klub został wyeliminowany przezFiorentinę. W 2015 roku został zwolniony. Później został selekcjoneremreprezentacji Danii do lat 21. W czerwcu 2019 roku objął stanowisko pierwszego treneraBrøndby, zastępującAlexandra Zornigera. Poprowadził klub do pierwszego od 16 lat tytułumistrza Danii w Superlidze w sezonie 2020/21.
14 maja 2024 roku został ogłoszony treneremLecha Poznań od sezonu 2024/2025 (sezon w maju dokończył jeszczeMariusz Rumak). Związał się kontraktem ważnym od 1 lipca 2024 do 30 czerwca 2026[2]. W sezonie2024/2025 zdobył z Lechemmistrzostwo Polski[3].
.jpg)
