Drużynę Timberwolves założono w 1987, dwadzieścia siedem lat po odejściu z miasta doLos Angeles drużynyLakers. Zespół zadebiutował w NBA w sezonie 1989-1990. Nazwa została wybrana w konkursie, a oznacza „wilki leśne”, których populacja w stanieMinnesota jest najwyższa na terenie USA.
Mimo rekordowej frekwencji na trybunach, drużyna osiągała słabe wyniki. Najlepszy bilans jaki osiągnęli w sezonie zasadniczym, to 29-53. Słabych występów nie byli w stanie zmienić nawet, wybierani z wysokimi numerami wdrafcie,Christian Laettner iIsaiah Rider. Ten ostatni zdołał tylko wygrać w 1994konkurs wsadów. W tym samym roku zmienił się właściciel, którym został biznesmen Glen Taylor. Pierwszym jego posunięciem było zatrudnienie na stanowisku generalnego menedżera byłego wybitnego koszykarzaKevina McHale’a. McHale od razu wykonał kilka dobrych posunięć, zaangażował na treneraFlipa Saundersa, wybrał wdrafcie 1995 młodziutkiegoKevina Garnetta, pozyskał zGolden State Warriors skrzydłowegoToma Gugliottę. W następnym roku doszedł jeszcze jeden świetny zawodnik, wymieniony za wybranego wdrafcieRaya Allena,Stephon Marbury. Młoda drużyna dobrze się rozumiała, a efektem był wynik sezonu 1996-1997 – 40-42 i pierwszy w historii występ wplay-offach, a także debiut Garnetta i Gugliotty wMeczu Gwiazd. W następnym sezonie było jeszcze lepiej – 45-37 i drugi awans do fazy pucharowej. Niestety, obydwa razy występy kończyły się na pierwszej rundzie.
W następnym sezonie nie grał już Tom Gugliotta, skonfliktowany z przyczyn finansowych ze Stephonem Marbury, a drużyna znów skończyła na pierwszej rundzie play-off. Po roku odszedł także Marbury, a zespół pozyskał rozgrywającegoTerrella Brandona oraz zdraftu solidnego gracza,Wally Szczerbiaka. Ten skład przyniósł rekordowy bilans 50-32, ale kolejną przegraną w fazie pucharowej. W 2001 zespół i menedżer McHale zostali surowo ukarani za nieprzepisowe podpisanie kontraktu zJoe Smithem. Mimo to, w następnych dwóch sezonach zespół znów znakomicie grał w sezonach zasadniczych, osiągając 47-35 i znów 50-32. Pech jednak nie opuszczał Wolves w play-offach. Sukcesem były za to występy w All-Star Game Garnetta i Szczerbiaka.
Przełom przyniósł dopiero sezon 2003-2004, kiedy to zatrudniono nowych graczy,Latrella Sprewella iSama Cassella. Mocny skład zaowocował najlepszym bilansem naZachodzie – 58-24, życiowym sukcesem Kevina Garnetta, który został wybranyMVP sezonu zasadniczego i, nareszcie, sukcesami w fazie play-off, kiedy to zespół dotarł do finału konferencji, przegrywając dopiero tam zLos Angeles Lakers.
W 2004 odszedł trener Flip Saunders, a poziom gry Wolves wyraźnie spadł. Liczne zmiany kadrowe (np. sprzedanie Sama Cassella i Wally Szczerbiaka) przynosiły raczej negatywne efekty, czego skutkiem było niekwalifikowanie się drużyny do play-offów przez trzy kolejne lata. W końcu, latem 2007 zespół opuściła jego największa gwiazda, Kevin Garnett, który przeniósł się do budujących potęgęBoston Celtics. W zamian zespół otrzymał pięciu innych graczy, dwa wybory w drafcie oraz sumę pieniędzy. Była to największa taka wymiana za jednego zawodnika w dziejach ligi, jednak opłaciło się to Celtom, gdyż w następnym sezonie bezapelacyjnie wygrali mistrzostwo NBA, zaś Timberwolves z najmłodszym składem w lidze skończyli sezon ze słabym wynikiem 22-60. Pod koniec 2008 z funkcji trenera zmuszony został odejśćRandy Wittman, którego zastąpił generalny menedżerKevin McHale. W 2009 nowym generalnym menedżerem zostałDavid Kahn, który zwolnił McHale’a i zatrudnił dotychczasowego asystenta treneraLos Angeles LakersKurta Rambisa jako trenera. Pod wodzą Rambisa, Timberwolves wygrali tylko 15 meczów w sezonie 2009-2010. W przerwie pomiędzy rozgrywkami, Wolves pozyskali szereg nowych graczy, w tym m.in.Michaela Beasleya oraz pozbyli się takich graczy jakAl Jefferson czyRamon Sessions.Sezon 2010-2011 leśne wilki wygrały tylko 17 meczów notują najgorszy bilans w sezonie.Do nielicznych sukcesów Wolves należy pobicie rekordu w ilościdouble-double, zdobycieNBA Most Improved Player Award i uzyskanie double-double na poziomie 31-31 (31 punktów i 31 zbiórek)wszystko przezKevin Love. W przerwie między sezonami Timberwolves pozyskali nowego treneraRick Adelman, do zespołu dołączyli Derrick Williams nr 2draftu iRicard Rubio, który dołączył do drużyny po dwóch latach oczekiwań.
↑Żaden z graczy Timberwolves nie zakładał trykotu z nr 21 od wymiany Garnetta doBoston Celtics. Po powrocie zawodnika do klubu numer jest używany ponownie.
