Mikronukleus –jądro generatywne występujące uorzęsków (Ciliata), razem zmakronukleusem tworzą ich aparat jądrowy. W odróżnieniu odpoliploidalnegomakronukleusa mikronukleus jest zwyklehaploidalny. Mikronukleus jest wyciszonytranskrypcyjnie i pełni funkcję zbliżoną do komórek linii płciowej u organizmów wielokomórkowych. W procesiekoniugacji płciowej ulega fuzji z mikronukleusem partnera koniugacyjnego, a następnie przechodzi podziałmitotyczny i odtwarza nowy mikro- i makronukleus. W przypadku uszkodzenia makronukleusa połączonego z brakiem partnera do koniugacji, może podzielić sięautogamicznie.
Nazwa mikronukleus pochodzi z połączeniagreckiego słowa: μικρός (mały) orazłacińskiegonucleus (pestka, jądro orzecha).