Zaraz po wyborze naStolicę Piotrową, przekonałKarola Andegaweńskiego, by nie ubiegał się o kolejną kadencję senatora rzymskiego i wydał dekret (11 lipca 1278) mówiący, że żaden nie-Rzymianin nie może sprawować tej funkcji bez zezwolenia[1]. Wprowadził też papieskąsignorię – wybrał sam siebie na dożywotniego senatora[1]. Zdołał doprowadzić do ustalenia stałych granicPaństwa Kościelnego, które przetrwały aż do XIX wieku, głównie dzięki podpisaniukonkordatu zkrólem Niemiec,Rudolfem I Habsburgiem (w którym Rudolf zrzekł się wszelkich roszczeń doRomanii)[1]. Aby ostatecznie pogodzić zwaśnione rodyHabsbugów iAndegawenów, papież doprowadził do małżeństwa córki Rudolfa I,Klemencji, z wnukiem Karola I,Karolem Martelem[1].
Negocjował także zMichałem Paleologiem kwestię zjednoczenia kościołów – warunki, jakie wysłał były jeszcze ostrzejsze niż poprzednie – Mikołaj odmówiłekskomuniki łacińskich sprzymierzeńców Karola Andegaweńskiego w Bizancjum i wymagał obecnościlegata papieskiego wKonstantynopolu[1].
Zreformował procedury kancelarii papieskiej, mianował kilku nowych kardynałów. Rozstrzygnął spór ubóstwa franciszkańskiego, wybierając drogę pośrednią, wytyczoną przezśw. Bonawenturę (bullaExiit qui seminat)[1].