Za życia Ramzesa II, a po śmierci starszego brataChaemuaseta, był zarządcąDelty. Praktycznie rządziłEgiptem przez ostatnie dwanaście lat panowania Ramzesa II. Tron egipski objął jako sześćdziesięcioletni mężczyzna. Merenptah przeniósł stolicę swego państwa zPi-Ramzes doMemfis, gdzie w pobliżu świątyniPtaha zbudował pałac królewski. Prawdopodobnie ożenił się ze swoją rodzoną siostrą – Isetnofret II, ze związku z którą urodziła się ich córka – Isetnofret III.
Najważniejszym zadaniem w początkach jego panowania było zreorganizowanie armii. W drugim roku wyprawił się z armią doKanaanu, gdzie po raz pierwszy Egipcjanie zetknęli się z ludemIzraela (o czym zaświadcza inskrypcja na tak zwanejSteli Merenptaha). Był to raczej pokaz siły niż prawdziwa wyprawa wojenna. Odniesiono kilka szybkich zwycięstw, zdobytoGezer iAszkelon. O zwycięstwie wKanaanie przypominastela ze świątyniAmenhotepa III wTebach.
Jak ważnym i naglącym przedsięwzięciem była rozbudowa armii, miało się okazać w piątym roku panowania, kiedy to nastąpił najazd na tereny Delty, koalicji plemionlibijskich i indoeuropejskich, zwanychLudami Morza. Do decydującej bitwy doszło w 1208 r. p.n.e., prawdopodobnie na terenach położonych na północny zachód od Memfis. Bitwa zakończyła się całkowitym zwycięstwem Egipcjan, którzy zmusili wrogów do ucieczki z pola bitwy. Rozproszone resztki wrogiej armii dopadła i wycięła w pień egipska jazda. Libijczycy pozostawili na polu około 6000 zabitych. Przebieg bitwy znany jest dzięki inskrypcjom wKarnaku.
Wkrótce po zwycięstwie na północy, Merenptah, kolejną wyprawę wojenną poprowadził przeciwko zbuntowanejNubii. Zreorganizowane i zaprawione w boju wojska szybko i z bezwzględnością stłumiły wszelkie ogniska buntu. Do szóstego roku panowania Merenptah zdecydowanie, wręcz z bezwzględnością, utwierdził egipskie panowanie na obszarze całego Imperium. Ukarał zbuntowaną Nubię, odparł Libijczyków i Ludy Morza, utrwalił zależność Kanaanu i utrzymywał pokój, zawarty zHetytami.
Ponieważ zdawał sobie sprawę, że jego panowanie nie będzie trwało równie długo jak jego ojca, jego działalność budowlana odznaczała się wyjątkowym pośpiechem. Wielki grobowiec zaprojektowano i wykuto w tempie wprost błyskawicznym. Podobnie wykonano jego dekoracje. Inspekcji budowy dokonałwezyr Panehsi w siódmym i ósmym roku. Przy budowie świątyni grobowej posuwano się nawet do uzurpacji materiału budowlanego, czerpiąc go z nieużywanych, bądź zawalonych części świątyni Amenhotepa III. W wielu miejscach król dopisywał swe imię na posągach lub budowlach swych poprzedników, pragnąc uchodzić za zasłużonego dla kraju i bogów.
W 1896 r.William Flinders Petrie odnalazł w tebańskiej świątyni Merenptaha, trzymetrową stelę, wykonaną z czarnegogranitu, na której znajduje się 28 liniihieroglificznego tekstu, zapisanego w formie poetyckiego hymnu. Stela datowana na piąty rok panowania, mówi o sytuacji wewnętrznej w Egipcie i wymienia tereny podległe lub znajdujące się pod kontrolą Egiptu. Znajdują się tam wzmianki o zwycięstwie nad Libijczykami oraz o sytuacji w Azji. Niezwykła waga tego tekstu polega na tym, że we fragmencie poświęconym Kanaan, po raz pierwszy i jedyny wjęzyku egipskim użyta jest nazwaIzrael. Nazwa ta zapisana jestfonetycznie sześcioma znakami, zaś towarzyszące determinatywy oznaczają, iż nazwa Izrael odnosi się w tym przypadku do narodu, a nie do miasta czy rejonu geograficznego. Tekst Merenptaha zapisano na steli Amenhotepa III, pozostawiając jedynieawers w stanie nienaruszonym, na którym znajdują się teksty dotyczące Amenhotepa III.
Merenptah pochowany został w KrólewskiejNekropolii, wDolinie Królów, w grobowcu KV 8, który został zniszczony i doszczętnie obrabowany w czasachXXI dynastii.Mumia króla została ukryta przez kapłanów w czasachPinodżema I, w sekretnej części grobowca (KV35)Amenhotepa II i tamże została odnaleziona w 1898 r. przezVictora Loreta. W komorze grobowej, w Dolinie Królów (KV 8), znajdował się owalnysarkofag z czerwonego granitu, na którym widniały wizerunki króla rzeźbione w głębokimreliefie.
W 1940 r., wTanis,Pierre Montet odkrył w grobowcuPsusennesa I, sarkofag z różowego granitu, w którym zapewne pochowano jego „właściciela”. Jak się okazało, sarkofag ten pierwotnie należał do Merenptaha i pochodził zapewne z jegocenotafu, znajdującego się gdzieś w pobliżu Tanis. Sarkofag ten został uzurpowany przez Psusennesa I.Kartusze prawowitego właściciela usunięto niedbale, pozostawiając w kilku miejscach fragmenty imienia Merenptaha, co pozwoliło ustalić do kogo pierwotnie należał. Wizerunek z pokrywy sarkofagu jest jednym z najlepiej zachowanych przedstawień króla. Mumię władcy przewieziono doMuzeum Egipskiego w Kairze w 1900 r. Została odwinięta zbandaży w lipcu 1907 r. Ciało króla zachowało się w złym stanie, głównie w wyniku zniszczeń, dokonanych przez starożytnych rabusiów, poszukujących złotych ozdób:amuletów i bransolet.