Rodzice Schwarzera, ojciec Hans-Joachim i matka Dorris pochodzą zNiemiec. W 1968 roku wyemigrowali doAustralii, gdzie urodził się piłkarz[2].
Swoją karierę Schwarzer rozpoczynał w zespole Colo Cougars[3]. Następnie grał w juniorskich zespołach Blacktown Association iMarconi Stallions zSydney[4]. W roku 1990 został włączony do pierwszej kadry tego ostatniego klubu.
Mark bronił tam do roku 1994, kiedy to wyjechał grać do ojczyzny swoich rodziców. Zasilił wówczas szeregiDynamo Drezno. Zagrał tam tylko 2 mecze wBundeslidze, a klub spadł do 2.ligi. Schwarzer przeniósł się więc do1. FC Kaiserslautern. Tam jednak był tylko rezerwowym bramkarzem dlaAndreasa Reinke i zagrał tylko 4 mecze w lidze. W styczniu 1997 roku przeniósł się doBradford City klubu grającego wówczas wFirst Division. Schwarzer zagrał tam kilkanaście meczów i pomógł częściowo uchronić zespół przed spadkiem z ligi. W kwietniu 1997 trafił do innego zespołu na szczeblu 2.ligiMiddlesbrough F.C. Schwarzer w barwachBoro zadebiutował wPucharze Ligi Angielskiej w półfinale przeciwko zespołowiStockport County. Schwarzer grał także w finale tego pucharu w zremisowanym 1:1 meczu zLeicester City, jednakże doznał kontuzji i w powtórce nie wystąpił, a jego zespół przegrał. Jednak w 2004 roku Schwarzer odbił sobie to niepowodzenie i pomógłMiddlesbrough w zdobyciuPucharu Ligi.
Jednym z najważniejszych momentów w karierze Schwarzera to mecz zManchesterem City w sezonie 2004/2005, kiedy to obronił w doliczonym czasie gry rzut karny wykonywany przezRobbie Fowlera. Dzięki remisowi 1:1 w tym meczuMiddlesbrough awansował doPucharu UEFA. Schwarzer został wówczas okrzyknięty bohateremMiddlesbrough. Latem 2005 Mark dostał pozwolenie na opuszczenieBoro, jednak z powodu małego zainteresowania jego osobą pozostał w zespole. W meczu zWest Ham United doznał złamania kości policzkowej i wydawało się, że przez tę kontuzję opuści drugą część sezonu. Schwarzer powrócił na finałowy mecz Pucharu UEFA zSevillą i zagrał w specjalnej masce. Jednak nie mógł zapobiec porażce jego zespołu 0:4.
Od sezonu 2008/09 jest bramkarzemFulham. Australijczyk odrzucił propozycjęMiddlesbrough przedłużenia wygasającego w czerwcu kontraktu i na zasadzie wolnego transferu przeniósł się naCraven Cottage. W nowym klubie zadebiutował 16 sierpnia w wygranym 2:1 ligowym spotkaniu zHull City[5]. Pierwsze czyste konto zachował natomiast w wygranym 1:0 meczu zArsenalem.
9 lipca 2013 podpisał roczny kontrakt zChelsea[6]. Niestety Schwarzer pełnił tam głównie rolę bramkarza rezerwowego. Australijczyk wystąpił zaledwie w 4 spotkaniach.
W styczniu 2015 roku na zasadzie wolnego transferu przeniósł się doLeicester City, gdzie rozegrał 6 meczów. W 2016 roku kontrakt rozwiązano.
21 stycznia 1989 roku w spotkaniu zChińskim Tajpej Schwarzer zadebiutował wdo lat 17. Wystąpił w niej łącznie sześć razy[4]. Zagrał również naMistrzostwach Świata, gdzie Australia nie wyszła z grupy[7].
12 lipca 1990 roku zagrał po raz pierwszy wreprezentacji U-20, w spotkaniu zIndonezją. Do roku 1991 w kadrze do lat 20 zagrał osiem razy[4].
Dobrze grał w kwalifikacjach doMistrzostw Świata w Niemczech. Zagrał też w obu barażowych meczach zreprezentacją Urugwaju i pomógłreprezentacji Australii w drugim historii awansie do finałówMistrzostw Świata po dramatycznym konkursie rzutów karnych, kiedy to obronił dwa z nich i stał się jednym z bohaterów w ojczyźnie. Został powołany przezGuusa Hiddinka do 23-osobowej kadry na same finały MŚ jako pierwszy bramkarz. Tam zagrał w pierwszych 2 meczach grupowych swojej drużyny. W trzecim z nich zChorwacją (2:2)Hiddink postawił naZeljko Kalaca. Jednak Kalac wypadł słabo i w następnym meczu 1/8 finału zReprezentacją Włoch bronił już Schwarzer. Jednak nie zdołał obronić kontrowersyjnego karnego w 95 minucie meczu wykonywanego przezFrancesco Tottiego ireprezentacja Australii pożegnała się z mistrzostwami.
6 listopada 2013 roku Schwarzer zdecydował się zakończyć karierę reprezentacyjną[8].