Jako szkoleniowiec w latach 80. i na początku lat 90. pracował najczęściej z klubamidrugiej ligi włoskiej. W 1994 został treneremJuventusu, który prowadził, z dwuletnią przerwą, do 2004. W tym czasie zespół "Starej Damy" pięciokrotnie sięgał po mistrzostwo kraju, raz poPuchar Mistrzów i trzykrotnie przegrywał w finale tych rozgrywek. Kolejny owocny okres pracy szkoleniowej zanotował jako selekcjonerreprezentacji Włoch (2004–2006); doprowadził ją do zwycięstwa naMundialu 2006. Ponownie był trenerem kadry w latach 2008–2010, jednak w tym okresie jego podopieczni zaliczyli jedną z największych wpadek w historii włoskiego piłkarstwa: po raz pierwszy od 1974 nie wyszli z grupy w czasiemistrzostw świata.
Zwrócił na siebie uwagę dopiero w 1992, kiedy prowadzona przez niego niezbyt mocna kadrowoAtalanta BC zajęła siódme miejsce w Serie A. Otrzymał wówczas propozycję odSSC Napoli, który następnie doprowadził do szóstej lokaty w lidze.
W 1994 upomniał się o niegoJuventus F.C. Nominacja nieznanego szkoleniowca, który nie mógł pochwalić się żadnymi sukcesami, wzbudziła niezadowolenie kibiców i konsternację wśród dziennikarzy. W pierwszym sezonie pracy wturyńskim klubie Lippi zdobył mistrzostwo i Puchar Włoch, a także doprowadził "Blanconerich" do finałuPucharu UEFA, w którym ulegli po dwumeczu (0:1, 1:1)Parmie. Rok później Juventus pierwszy raz od jedenastu lat triumfował w rozgrywkach oPuchar Mistrzów. W tamtej drużynie grali m.in. bramkarzAngelo Peruzzi, obrońcyCiro Ferrara iGianluca Pessotto, pomocnicyAntonio Conte iFrancuzDidier Deschamps, a w ataku 22–letniAlessandro Del Piero; piłkarze, którzy przez kolejne lata decydowali o obliczu jedenastki ze Stadio del Alpi. Lippi awansował do finałuLigi Mistrzów jeszcze trzykrotnie – w 1997, 1998 i 2003, ale wówczas przeszkodą nie do pokonania okazywały sięBorussia Dortmund,Real Madryt iA.C. Milan. Bilans tytułów mistrza kraju zamknął na pięciu zwycięstwach. Na początku 1999 po dwudziestu kolejkach sezonu 1998–99 po czterech latach owocnej pracy złożył dymisję.
Długo pozostawał bez pracy, ale w 2001 ponownie dostał zatrudnienie w Juventusie. W ciągu trzech sezonów zdobył dwaScudetta i dotarł do finału Ligi Mistrzów, w którym Juventus przegrał po rzutach karnych z Milanem.
Powrócił na stanowisko selekcjonera po nieudanym dla ItaliiEuro 2008. Pierwszy turniej, w którym Włosi wystąpili kierowani przez Lippiego, czyliPuchar Konfederacji 2009 zakończył się niepowodzeniem: pomimo zwycięstwa w pierwszym meczu ze Stanami Zjednoczonymi 3:1 odpadli już po fazie grupowej, dając się wyprzedzićBrazylii iStanom Zjednoczonym. Jeszcze gorszy wynik podopieczni Lippiego zanotowali naMundialu 2010, gdzie aktualni mistrzowie świata zajęli ostatnie miejsce w grupie (wyprzedzili ichParagwaj,Słowacja iNowa Zelandia) nie odnosząc nawet jednego zwycięstwa w turnieju, co się zdarzyło po raz pierwszy w historii startów reprezentacji na Mundialu (w poprzednich Mundialach na których Włosi brali udział odnieśli co najmniej jedno zwycięstwo). Selekcjonerowi zarzucano głównie błędy w polityce kadrowej (stawianie na wyeksploatowanych zawodników i zostawienie w domuFrancesca Tottiego,Luki Toniego,Antonia Cassano iMaria Balotellego), złe przygotowanie podczas przedmundialowego zgrupowania (nadmierne obciążenia w trakcie treningów) oraz błędne decyzje w trakcie turnieju. Po mistrzostwach internauci przechrzcili go "Macello" (wł. "klęska") Lippi[1]. Po mistrzostwach zgodnie ze wcześniejszymi zapowiedziami podał się do dymisji.
Kilka miesięcy po zakończenia mundialu jego nazwisko było wiązane z posadą nowego selekcjonerareprezentacji Ukrainy, którą miałby przygotować doEuro 2012. Jednak rozmowy w tej sprawie zakończyły się niepowodzeniem[2].
Po dwóch latach przerwy powrócił do zawodu trenerskiego w maju 2012. Podpisał wtedy kontrakt zchińskim zespołemGuangzhou Evergrande, do którego wcześniej sprowadzonoreprezentanta Paragwaju, napastnikaLucasa Barriosa. Lippi zarabiał 10 milionóweuro rocznie, dzięki czemu stał się drugim najlepiej opłacanym szkoleniowcem na świecie[3]. Już w pierwszym sezonie swojej pracy zdobył z klubem mistrzostwo kraju, dzięki czemu zimą 2012 jego nazwisko pojawiło się wśród potencjalnych kandydatów na stanowisko szkoleniowcaRealu Madryt[4].