Założone w 1827 przezBrytyjczyków na zboczu wygasłegowulkanu jako ośrodek handlu niewolnikami o nazwieClarencetown lubPort Clarence. ZanimLiberia stała się państwem, do którego podążali wyzwoleni niewolnicy Malabo i jego okolice było takim miejscem. Wielu z nich pozostało na wyspie i tworzą obecnie grupę etniczną zwanąFernandinos. W 1843 miasto zajęliHiszpanie i zmienili nazwę naSanta Isabel. Zostało stolicą Gwinei Równikowej w 1963 r. odbierając ten tytuł Bata. Od 1973. Po uzyskaniu niepodległości miasto zostało przemianowane naMalabo w ramach prowadzonej przez dyktatoraFrancisco Macías Nguema kampanii afrykanizowania nazw.
Zamieszkująca wyspę Bioko (d.Fernando Po) mniejszośćBubi była eksterminowana przez władze Gwinei Równikowej. Kraj zyskał wtedy mianoafrykańskiegoAuschwitz. Znaczna część mieszkańców miasta uciekła przedludobójstwem, zastąpiona potem przez ludność z plemieniaFang.
Miasto leży w klimacie tropikalnym monsunowym. Pora sucha trwa od grudnia do lutego. Pora deszczowa jest bardzo długa i obejmuje pozostałą część roku. Najbardziej suchym miesiącem jest luty (średnie opady: 33 mm), a najwięcej deszczu spada we wrześniu i październiku (średnia: 500 mm). Średnia roczna opadów wynosi 1900 mm.Temperatury w poszczególnych miesiącach nie różnią się znacząco, podobnie jak temperatury dzienne[1]. W ciągu roku Malabo ma tylko 1180 godzin, w których świeci Słońce, co sprawia, że jest to jedna z najpochmurniejszych stolic świata. Za ten stan rzeczy odpowiedzialne sąunoszące się nad miastem mgły.
Miasto pełni funkcję centrum polityczno-gospodarczego państwa. Znajdują się tu zakłady przemysłu spożywczego i drzewnego. Coraz większe znaczenie ma przemysł wydobywczy za sprawą odkrycia złóż ropy naftowej w Gwinei Równikowej. Rozwija się takżeturystyka.
Mimo tego, że Malabo jest stolicą nie ma rozwiniętej sieci dróg. Niewielka jest liczba utwardzonych dróg prowadzących do miasta. Podobnie wygląda rzecz z ulicami w mieście. Ulice najczęściej noszą nazwy afrykańskich rewolucjonistów oraz miast w Gwinei Równikowej czy w innych państwachAfryki.