Przygodę szkoleniową rozpoczął na początkulat 90. w hiszpańskich klubach niższych lig. W1998 roku został szkoleniowcem drugoligowegoRayo Vallecano, który jeszcze w tym samym sezonie wprowadził doPrimera División.
Od2001 do2002 roku prowadziłReal Betis. Z ówczesnym beniaminkiem ekstraklasy zajął szóste miejsce w lidze, premiowane awansem do rozgrywek oPuchar UEFA. Jednak w kolejnym sezonie weuropejskich pucharach drużynę prowadziłVictor Fernandez, ponieważ Ramos zdecydował się przyjąć ofertę zEspanyolu Barcelona, z którego zresztą zwolniono go już po pięciu pierwszych kolejkach rozgrywek2002–2003.
Później przez rok pracował wMálaga CF, a w czerwcu2005 roku zastąpiłJoaquina Caparrosa na stanowisku treneraSevilli FC. Zespół bez wybijających się osobowości piłkarskich doprowadził do finałuPucharu UEFA.10 maja2006 roku na stadionie wEindhoven Sevilla pokonałaMiddlesbrough FC 4:0 po golachLuísa Fabiano,Frédérica Kanouté i dwóchEnzo Mareski, i tym samym zdobyła pierwsze w swojej historii trofeum międzynarodowe. Wielu obserwatorów sądziło, że zwycięstwo podopiecznych Ramosa było przypadkowe i nie powinno mieć wpływu na zmianę pozycji klubu w europejskiej hierarchii. Tymczasem Sevilla na stałe zadomowiła się na najwyższym szczeblu pucharowych rozgrywek. Na początku kolejnego sezonu po zwycięstwie 3:0 nadFC Barceloną wywalczyłaSuperpuchar Europy, a niemal rok później – jako trzecia drużyna w historii – po raz drugi z rzędu awansowała do finału Pucharu UEFA, w którym po emocjonującym (2:2,k. 3:1) spotkaniu pokonałaEspanyol Barcelona.
W październiku2007 roku, mimo dobrych wyników Sevilli w lidze i w Lidze Mistrzów, Ramos niespodziewanie złożył dymisję. Kilka dni wcześniej z funkcji menedżeraTottenhamu Hotspur zwolniony zostałMartin Jol. Wielu dziennikarzy wiązało odejście Hiszpana z Sevilli wcześniejszym podpisaniem umowy ze Spursami[1]. I rzeczywiście,29 października nowym szkoleniowcem Tottenhamu został Juande Ramos. Jednak rok później po słabych wynikach prowadzonej przez niego drużyny, został zwolniony ze stanowiska[2]. Zastąpił goHarry Redknapp.
9 grudnia2008 rozpoczął pracę zRealem Madryt, który plasował się na piątym miejscu w Primera Divison. Spędził tam tylko pół roku – prowadzony przez niego zespół zakończył sezon na drugim miejscu, Ramos przegrał wyścig zarówno o mistrzostwo, jak iPuchar Hiszpanii zFC Barcelona, a z rozgrywekLigi Mistrzów odpadł już w 1/8 finału. Po zakończeniu sezonu Ramosa zmieniłManuel Pellegrini.
Tymczasem hiszpański szkoleniowiec już we wrześniu podpisał kontrakt zCSKA Moskwa, jednak po 46 dniach pracy w moskiewskim klubie został zwolniony. O dymisji przesądziła porażka z FK Moskwa, po której zespół spadł na 6. miejsce w tabeli.
1 października 2010 objął stanowisko głównego treneraukraińskiegoDnipra Dniepropetrowsk, z którym zdobył wicemistrzostwo Ukrainy w 2014 roku, jednak postanowił nie kontynuować współpracy z klubem i 22 maja 2014 opuścił Dniepropetrowsk[3].
24 maja 2016 roku został ogłoszony ponownie trenerem hiszpańskiego klubuMálaga CF podpisując 3-letnią umowę[4]. 22 grudnia 2016 roku zrezygnował z tej funkcji[5].
