Jego rodzina nazywała sięCheese, czyliser. Ojciec w obawie przed drwinami w wojsku zmienił nazwisko na Cleese w 1915 r., zanim się zaciągnął. Stworzył słowo, które nic nie znaczy w języku angielskim.
Studiowałprawo wCambridge, gdzie poznał swego przyszłego partnera pisarskiegoGrahama Chapmana. Ukończył uczelnię w 1963. Efekt działania tej spółki (obok animacjiGilliama) był najbardziejsurrealistyczną częścią działalności Pythonów.
Ich skecze dotyczyły zwykle szarych ludzi w codziennych sytuacjach, jednak robiących rzeczy dziwaczne. Na przykład Cleese i Chapman zmienili zwyczajny widok zdążającego do biura urzędnika w czarnym garniturze i meloniku w scenę, gdy Cleese z kamienną twarzą wije się, potyka i podskakuje w drodze do pracy w „Ministerstwie Głupich Kroków”. Ujawnia to talent Cleese’a do humoru bazującego na cechach fizycznych aktora, stosowanego też w autorskim cyklu komediowym Cleese’aFawlty Towers (Hotel Zacisze).
Często gra postacie, które pozostają śmiertelnie poważne, mimo że wykonują czynności niedorzeczne. Uwidacznia to m.in. jego rolaSir Lancelota w„Świętym Graalu”, gdzie podąża na zamek, by wybawić damę z opresji, nie zdając sobie sprawy z tego, że w efekcie masakruje gości weselnych. Innym często stosowanym przez spółkę autorską Cleese-Chapman chwytem jest osadzanie skeczu wokół sporu na zupełnie oczywisty temat, tak jak w skeczu zezdechłą papugą, w sklepie z serem czy w klinice kłótni. We wszystkich tych rolach Cleese pojawiał się wraz zMichaelem Palinem, którego często określał jako swego „ulubionego Pythona”.
W 1979 wyreżyserował oraz występował w programieThe Secret Policeman's Ball, który miał na celu zdobycie funduszy dlaAmnesty International. Dzięki temu programowi oraz jego następnym edycjom w działalność charytatywną zaangażowało się wiele osób, w tym muzycy:Sting,Bono,Peter Gabriel,Bob Geldof,Midge Ure.
Z terapeutąRobinem Skynnerem Cleese napisał dwie książki o życiu rodzinnym:Żyć w rodzinie i przetrwać (Families and how to survive them) orazŻyć w tym świecie i przetrwać (Life and how to survive it). Napisał także wstępy do serii książek o życiu z chorobami cywilizacyjnymi (cukrzyca,nadciśnienie tętnicze,astma oskrzelowa).
W 2008 John Cleese zagrał w serii telewizyjnych spotów reklamowych bankuBZ WBK. W jednym z nich stwierdzał, żelubipierogi ima ciotkę wPcimiu. Pierwszy spot wyemitowano w połowie lutego.
W 2012 John Cleese zagrał w serii telewizyjnych spotów reklamowych czeskiego bankuUniCredit. W jednym z nich stwierdzał, żelubiknedliki ima ciotkę wCzeskim Cieszynie. Pierwszy spot wyemitowano w połowie lutego.
Obecnie ma tytuł Provost's Visiting Professor naCornell University, gdzie prowadzi niekiedy zajęcia.
Jego pierwszą żoną byłaConnie Booth (od 15 lutego 1968 do 1978). Z tego związku mają jedno dziecko,Cynthię Cleese (ur. 1971).
Cleese ponownie się ożenił w 1981 z amerykańską aktorką Barbarą Trentham. Ich córka Camilla urodziła się w 1984 r. To małżeństwo również się rozpadło, w 1990 r.
W 1992 Cleese ożenił się po raz trzeci, z amerykańską psychoterapeutką Alyce Faye Eichelberger. Tym razem rozwód nastąpił w 2008 r. W 2012 r. ożenił się po raz czwarty – z aktorką Jennifer Wade.