W 1989 roku, gdy Milošević odebrał prowincjiautonomię, którą cieszyła się ona prawie 20 lat, założyłDemokratyczną Ligę Kosowa. Początkowo dążyła ona do przyznania Kosowu statusu odrębnej republiki w ramachFederacji Jugosłowiańskiej, później zaczęła się domagać niepodległości dla prowincji.
W 1992 i 1998 roku wygrywał wybory na urząd prezydentaRepubliki Kosowa, pod hasłem niepodległości i odłączenia się odJugosławii.Belgrad nie uznał wyników tych wyborów, uznając je za nielegalne. Milošević tropiłpartyzantów zUÇK, którzy od 1996 roku, wbrew stanowisku Rugovy, atakowaliSerbów.
W lutym 1999 Rugova był jednym z członków kosowskiej delegacji podczas rozmów pokojowych kosowsko-serbskich,prowadzonych w Rambouillet podParyżem.Serbowie przystąpili do nich pod groźbą nalotówNATO. 18 marca podpisał w imieniu kosowskich Albańczyków układ zapewniający Kosowu autonomię, a kontrolę nad procesem pokojowym oddający korpusowi 28 tys. żołnierzy NATO (KFOR). Serbska delegacja odrzuciła te warunki[2][3].
Odrzucenie przez Miloševicia tego porozumienia stało się bezpośrednią przyczyną rozpoczętych 24 marca 1999 i trwających 79 dni nalotów lotniczych NATO na Jugosławię. Naloty nie uzyskały akceptacjiRady Bezpieczeństwa i obudziły protestyRosji. Z Kosowa uciekło lub zostało wygnanych dziesiątki tysięcyuchodźców, którzy przybywali do Albanii iMacedonii.
W październiku 2000 roku partia Rugovy zdecydowanie pokonała w wyborach lokalnych w Kosowie Demokratyczną Partię Kosowa byłego przywódcy UÇK – Hashima Thaciego. W marcu 2002 parlament prowincji oficjalnie powierzył mu stanowisko prezydenta.
Rugova był dla większości Albańczyków największymautorytetem politycznym, a dla wszystkich, nawet swoich przeciwników – autorytetem moralnym.Stany Zjednoczone iEuropa Zachodnia otwarcie go popierały w sporach z radykalnymi rywalami. W świecie popularność przyniosła mu pacyfistyczna postawa, a zwłaszcza potępianie stosowania przemocy, nawet przez własnych rodaków. Zmarł naraka płuc.
Dzień po śmierci Rugovy władze Kosowa wprowadziły 15 dni żałoby narodowej, począwszy od 23 stycznia 2006 roku[4].
7 września 2024 r. wPodujevie został odsłonięty pomnik Ibrahima Rugovy[5].