Sugerowane pola (wstaw w kodzie):| liga2 = | trener2 = | asystent trenera2 = | liczba członków = | forma prawna = | płeć = | obiekt sportowy2 = | dyrektor sportowy =
Od sezonu 2001/02 Holstein Kiel występowało wRegionallidze (3. poziom rozgrywek). Najczęściej kończyło rozgrywki w środku stawki (oprócz sezonu 2005/06, który zakończyli na 4. miejscu). W sezonie 2006/07 zajęli 15. miejsce, które oznaczało spadek doOberligi[1].
W sezonie 2007/08 drużyna z Kilonii zajęła 1. miejsce, jednak w wyniku reformy piłkarskiej w Niemczech (utworzenie3. Ligi - trzeciego poziomu rozgrywek w miejsce Regionalligi, która stała się czwartym poziomem) pozostała na 4. poziomie rozgrywkowym. Już sezon później zajęli 1. miesjsce i awansowali do 3. Ligi. Spadli z niej już po 1 sezonie, zajmując 19. miejsce. Po sezonie 2012/13 i zajęciu pierwszego miejsca w Regionallidze Nord, Holstein Kiel awansowało do 3. Bundesligi[1].
Swójpierwszy sezon na 3. poziomie od 3 lat Holstein Kiel zakończyło na 16. miejscu. Następnysezon zakończyli na 3. miejscu, dzięki czemu wystąpili w barażach o awans do2. Bundesligi. Tam jednak przegrali zTSV 1860 Monachium 2:1 w dwumeczu. Po słabszym sezonie2015/16, następny sezon dał drużynie awans do 2. Bundesligi. Sezon2016/17 zakończyli na 2. miejscu z punktem straty do zwycięzcy ligi -MSV Duisburg[1].
Jako beniaminek 2. Bundesligi w sezonie2017/18 zajęli 3. miejsce, dająca prawo gry w barażach o Bundesligę. Tam zmierzyli się z zespołemVfL Wolfsburg, z którym przegrali 2:0 w dwumeczu. Podobny rezultat osiągnęli w sezonie2020/21, w którym także zajęli 3. miejsce i zmierzyli się w barażach z1. FC Köln, który przegrali w dwumeczu 2:5[1][2]. Po drodze drużyna z północnych Niemiec zajmowała pozycje: 6. w sezonie2018/19 i 11. w sezonie2019/20. Sezon2021/22 poszedł już gorzej, gdyż zajęli 9. lokatę z dorobkiem 45 punktów[3].
W sezonie 2020/21 drużyna odniosła sensacyjne zwycięstwo zBayernem Monachium – obrońcą tytułuPucharu Niemiec i zwycięzcąLigi Mistrzów z sezonu 2019/20. W drugiej rundzie pucharu Niemiec wygrali oni po serii rzutów karnych[4][5]. Ostatecznie dotarli do półfinału, gdzie odpadli zBorussią Dortmund (0:5)[6].
Sezon 2023/24 okazał się przełomowy dla drużyny z północy Niemiec. W przedostatniej kolejce 2. Bundesligi, Holstein Kiel zremisowało zFortuną Düsseldorf, co pozwoliło im na uzyskanie pierwszego w historii awansu do Bundesligi. Stał się on 58. klubem w historii, który zyskał prawo do gry w najwyższej lidze w Niemczech[7].
↑Pomimo porażki w barażu z 1. SC Göttingen 05 ekipa z Kilonii awansowała gdyż drużyna z Getyngi nie uzyskała licencji na grę w wyższej klasie rozgrywkowej.
↑Wprowadzono 3. ligę, Regionalliga stała się czwartym, a Oberliga piątym szczeblem rozgrywkowym.