Fryderyk był jedynym synem króla duńskiegoChrystiana VII. Kiedy książę miał cztery lata, jego matkaKarolina Matylda została aresztowana i musiała opuścić Danię, oskarżona o spisek przeciw królowi (jej domniemany kochanek, będący ojcem jej córki, hrabiaJohann Friedrich Struensee, został ścięty). Zmarła w 1775 i już nigdy nie zobaczyła dzieci. Fryderyk i jego siostra Luiza Augusta wychowywani byli na dworze królowejJuliany Marii brunszwickiej, żony króla DaniiFryderyka V (1723-1766).
Król Fryderyk VI
Do czasu osiągnięcia przez Fryderyka pełnoletniości faktyczne rządy w imieniu króla Chrystiana VII sprawowałOve Høegh-Guldberg, który prowadził politykę neutralności i finansowej prosperity. 14 kwietnia 1784 premier Guldberg został odsunięty ze stanowiska. Fryderyk pojawił się na posiedzeniu tajnej rady i odczytał rozporządzenie przywracające stan rzeczy sprzed rządówhrabiego Struensee, to znaczy rządy osobiste monarchy. Stał się rzeczywistym przywódcą państwa. Podobnie jak poprzednicy, rządził w imieniu ojca, który cierpiał na zaburzenia psychiczne (schizofrenia) i nie był w stanie sprawować władzy.
Najważniejszym dokonaniem Fryderyka VI w polityce wewnętrznej było zniesienie poddaństwa chłopów i nadanie im ziemi w wieczystą dzierżawę. Dla wielu duńskich historyków moment ten wyznacza początek historii nowoczesnego narodu duńskiego. W polityce zagranicznej zerwał z polityką neutralności Danii w okresiewojen napoleońskich. Zawarł sojusz ze Szwecją,Rosją iPrusami, mający na celu przełamanie angielskiej blokady i umożliwienie handlu z Francją. Doprowadził do konfliktu z Wielką Brytanią, zakończonego w 1801bitwą morską pod Kopenhagą. Do kolejnego konfliktu doszło w 1807, kiedy to po odrzuceniu przez księcia ultimatum Brytyjczycyzagarnęli duńską flotę. Na mocytraktatu kilońskiego musiał przekazać Szwecji całość obszarów Norwegii.