Sugerowane pola (wstaw w kodzie):| liga2 = | trener2 = | asystent trenera2 = | forma prawna = | liczba członków = | płeć = | obiekt sportowy2 = | dyrektor sportowy =
Klub został założony w 1895 roku pod nazwąTurnverein Flingern. Na późniejsze powstanie Fortuny miały wpływ także dwa inne historycznne kluby:Düsseldorfer Fussballklub Spielverein założony w 1908 roku orazFC Alemania 1911 założony w 1911 roku. FC Alemania rok później została przemianowana naFortuna 1911, a w połowie 1913 roku oba kluby połączyły się i utworzyłyDüsseldorfer FC Fortuna 1911. To z kolei spowodowało fuzję z Flingern i w ten sposób powstałaFortuna Düsseldorf.
W końcu lat 20. Fortuna zdobyła kilka lokalnych tytułów, a w 1933 sięgnęła po mistrzostwo Niemiec pokonującFC Schalke 04, który w tych czasach był dominującym niemieckim zespołem. W następnym sezonie Fortuna zaczęła grać w rozgrywkach o nazwie Gauliga Niederrhein, które były jedną z 16 lig uformowanych przezNiemiecki Związek Piłki Nożnej. Düsseldorf zdominował rozgrywki tej ligi i w latach 1936–1940 pięciokrotnie z rzędu brał udział w rundzie finałowej mistrzostw Niemiec. W 1937 roku dotarł też do finału Tschammerpokal, protoplasty dzisiejszegoPucharu Niemiec. W latach 1944–1945 występowała jakoKSG TSV Fortuna/SC 99 Düsseldorf, ale rozegrała zaledwie dwa mecze, gdynarodowi socjaliści ogłosili upadek Trzeciej Rzeszy.
Słabsza dyspozycja nie pozwoliła Fortunie awansować do profesjonalnej ligi złożonej z 16 drużyn. Jednak 3 lata później awansowała do ekstraklasy. Szybko jednak spadła z powrotem do drugiej ligi, ale w sezonie 1971/1972 ponownie świętowano awans Fortuny. W pierwszej lidze klub z Düsseldorfu spędził 16 lat, dwukrotnie zajmując 3. miejsce. W tym okresie trzykrotnie awansował do finału krajowego pucharu: w 1978 roku przegrał, w 1979 zdobył ten puchar, podobnie jak rok później, w 1980 roku. Sukces osiągnął także wPucharze Zdobywców Pucharów awansując do finału, w którym przegrał zFC Barcelona 3:4 po dogrywce.
Od czasu spadku w 1987 Fortuna jeszcze dwukrotnie awansowała do ekstraklasy. Grała w niej w latach 1989–1992 oraz 1995–1997, a następnie grała na tyle słabo, że wylądowała w Oberlidze Nordrhein (IV) (2002–2004). w latach 2000 i 2001 tylko dlatego nie spadła o klasę niżej, gdyż jej rywale nie otrzymali licencji na grę wRegionallidze. Fortuna także przechodziła kłopoty finansowe, ale z czasem sytuacja się ustabilizowała, a klub w końcu awansował do rozgrywek Regionalligi Północnej (III). Po sezonie 08/09 Fortuna awansowała do 2. Bundesligi
W sezonie2011/20122. Bundesligi Fortuna zajęła trzecie miejsce i zwyciężyła następnie w barażach z 16. drużyną Bundesligi,Herthą Berlin i awansowała do Bundesligi. W sezonie2012/2013 drużyna zajęła przedostatnie, 17. miejsce i została zdegradowana do 2. Bundesligi. W sezonie 2017/2018 Fortuna ponownie awansowała doBundesligi[1].
W sezonie2019/2020 Bundesligi Fortuna zajęła 17. miejsce i została zdegradowana do2. Bundesligi.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe