Filogenomika[1] – dziedzinanauki będąca połączeniem wiedzy zewolucji igenomiki[2]. Termin ten był używany w wielu znaczeniach do określenia niektórych typów analiz z udziałem danychgenomu i rekonstrukcji ewolucyjnych, zwłaszczafilogenezy. Przykłady różnych znaczeń filogenomiki:
- Przewidywanie funkcjigenu w oparciu o historię jego ewolucji wdrzewie filogenetycznym. Było to pierwotne znaczenie tego terminu, użytego przez biologa ewolucyjnego Jonathana Eisena. W celu przeglądu tego aspektu filogenomiki, patrz: Sjölander (2004)[3] oraz Brown i Sjölander (2006)[4].
- Rekonstrukcja drzewagatunku przez połączenie informacji z wielu genów lub całego genomu[5][6][7]
- Integracja analiz genomu i rekonstrukcji ewolucyjnej[8][9]
- Użycie drzewa filogenetycznego do przewidywaniapoziomego transferu genów w skali genomu[10]
- ↑Paweł Mackiewicz, Jolanta Zakrzewska-Czerwińska, Stanisław Cebrat. Genomika – dziedzina wiedzy XXI wieku. „Biotechnologia”. 3 (70), s. 7-21, 2005.
- ↑Hervé Philippe, Mathieu Blanchette. Overview of the First Phylogenomics Conference. „BMC Evolutionary Biology”. 7 (Suppl 1), s. S1, 2007.DOI:10.1186/1471-2148-7-S1-S1. (ang.).
- ↑K. Sjölander. Phylogenomic inference of protein molecular function: advances and challenges. „Bioinformatics”. 20 (2), s. 170-9, 2004.PMID:14734307. (ang.).
- ↑D. Brown, K. Sjölander. Functional classification using phylogenomic inference. „PLoS Computational Biology”. 2 (6), s. e77, 2006.DOI:10.1371/journal.pcbi.0020077.PMID:16846248. (ang.).
- ↑F. Delsuc, H. Brinkmann, H. Philippe. Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. „Nature Review Genetics”. 6 (5), s. 361-75, 2005.DOI:10.1038/nrg1603.PMID:15861208. (ang.).
- ↑H.H. Philippe H.H. i inni,Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments, „Molecular Biology and Evolution”, 9, 21, 2004, s. 1740-52,DOI: 10.1093/molbev/msh182,PMID: 15175415 (ang.).
- ↑O. Jeffroy, H. Brinkmann, F. Delsuc, H. Philippe. Phylogenomics: the beginning of incongruence?. „Trends in Genetics”. 22 (4), s. 225-31, 2006.DOI:10.1016/j.tig.2006.02.003.PMID:16490279. (ang.).
- ↑JA. Eisen, CM. Fraser. Phylogenomics: intersection of evolution and genomics.. „Science”. 300 (5626), s. 1706-7, 2003.DOI:10.1126/science.1086292.PMID:12805538. (ang.).
- ↑JA. Eisen, PC. Hanawalt. A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes. „Mutation Research/DNA Repair”. 435 (3), s. 171-213, 1999.DOI:10.1016/S0921-8777(99)00050-6.PMID:10606811.
- ↑JW. Whitaker, GA. McConkey, DR. Westhead. The transferome of metabolic genes explored: analysis of the horizontal transfer of enzyme encoding genes in unicellular eukaryotes.. „Genome Biology”. 10 (4), s. R36, 2009.DOI:10.1186/gb-2009-10-4-r36.PMID:19368726. (ang.).
