Aby zapewnić sukcesję synowi, cesarz Ferdynand II już w 1625 roku przeprowadził wybór i koronację Ferdynanda na króla Węgier (tron był tam formalnie elekcyjny). W 1627, po wprowadzeniu w Czechach monarchii dziedzicznej, Ferdynand został także koronowany wPradze. Także za życia ojca w 1636 elektorzy Rzeszy Niemieckiej zebrani w Ratyzboniewybrali go na króla rzymskiego (niemieckiego).
Po śmierci ojca w 1637 roku[2] zostałcesarzem. Wówczas wŚwiętym Cesarstwie toczyła sięwojna trzydziestoletnia (1618–1648). Starał się opanować sytuację wNiemczech, ratować pogrążony w ruinie kraj i pozycję polityczną Habsburgów. We wrześniu 1640 r. Ferdynand III zwołał Sejm Cesarstwa w Ratyzbonie. Przywrócono wtedy funkcjonowanie organów centralnych Rzeszy. W latach 1640–1641 sprzeciwiał się przemarszowi wojsk polskich zRzeczypospolitej doFlandrii, uzgodnionemu w ramachpolsko-hiszpańskiego traktatu sojuszniczego.
W 1643 r. rozpoczął negocjacje pokojowe ze Szwedami, Holendrami i Francuzami w Münster i Osnabrück. Ambasadorem cesarza został Maksymilian hrabia von Trauttmansdorff. Pod wrażeniem pogarszającej się sytuacji obozu katolickiego, upadku władzy cesarskiej i ruinyNiemiec, w 1644 r. Ferdynand III przyznał książętom i stanomRzeszy prawo do samodzielnego zawierania traktatów i prowadzenia wojen (ius belli ac pacis). Liczył na to, że głosy książąt wesprą go podczas negocjacji pokojowych w toczącej się wojnie trzydziestoletniej. Decyzja Ferdynanda przyczyniła się do osłabienia władzy centralnej wŚwiętym Cesarstwie Rzymskim.
Stopniowo kolejni książęta podpisywali pokoje lub rozejmy z Francją i Szwecją. W 1645 r. armia szwedzka marszałkaLennarta Torstenssona pokonała siły cesarskie pod Jüteborgiem i Jankowicami. W 1648 r. pod Zursmarshausen wojska francuskie (Tureniusz) i szwedzkie (gen.Karol Gustaw Wrangel) po raz kolejny odniosły zwycięstwo nad armią cesarza. Droga doAustrii i Wiednia już wcześniej stała otworem, a na zachodzie kolejne klęski ponosili Hiszpanie. Cesarz musiał zgodzić się na podpisanietraktatu westfalskiego (24 października 1648 r.). W marcu 1650 r. Ferdynand III wydał specjalny edykt regulujący egzekucję postanowień pokoju w Niemczech. W 1653 r. zwołał jeszcze Sejm Cesarstwa dla rozpatrzenia spraw wykonania postanowień pokoju.
W 1653 r. Sejm Cesarstwa zakazał cesarzowi nadawania statusu stanu Rzeszy oraz godności książęcych i elektorskich bez zgody elektorów i książąt.W 1654 r. Ferdynand III zaakceptował ustawę Sejmu Cesarstwa pozwalającą książętom i stanom Rzeszy na samodzielne zbieranie podatków na cele obronne. Wzmocniło to pozycję książąt zarówno wobec cesarza, jak i wobec poddanych.
W 1641 r. jako król czeski wydał edykt wprowadzającyplacetum regium, czyli zakaz publikacjibulli i listów papieskich bez zgody cesarza (króla).
W 1648 r. Ferdynand III ustanowił jednostki stałej armii dla obrony granic ziem dziedzicznych Habsburgów. W 1651 r. cesarz ostatecznie zerwał z tolerancyjną polityką w krajach naddunajskich. Ogłosił wyznanie rzymskokatolickie za jedyne dozwolone na obszarach swojej monarchii.
Ferdynand, z Bożej łaski uświęcony i wybrany cesarz rzymski, po wieki August, Król Niemiec, Król Węgier, Czech, Dalmacji, Chorwacji, Slawonii, Ramy, Serbii, Galicji, Lodomerii, Kumanii, Bułgarii,arcyksiążę Austrii, książę Burgundii, Brabancji, Styrii, Karyntii, Karnioli, margrabia Moraw, książę Luksemburga, Górnego i Dolnego Śląska, Wirtembergii, Teck etc. książę Szwabii, hrabia Habsburga, Tyrolu, Ferreti, Kyburga, Gorycji etc. landgraf Alzacji, margrabia Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Burgau, Górnych i Dolnych Łużyc etc. pan Marchii Wendyjskiej, Salin, Port Naon, etc., etc., etc.
Słownik władców Europy nowożytnej i najnowszej,JózefJ.Dobosz,MaciejM.Serwański,IlonaI.Czamańska, wyd. 2, Poznań: Wydawnictwo Poznańskie, 2002,ISBN 83-7177-118-5,OCLC749651157. Brak numerów stron w książce
H. Wereszycki,Historia Austrii, Ossolineum, Wrocław–Warszawa–Kraków 1986.
Z. Wójcik,Historia powszechna XVI–XVII wieku, PWN, Warszawa 2001.ISBN 83-01-12920-4.
